Lento 261 lähti Puerto Vallartan kentältä Meksikosta normaalisti. Nousun aikana lentäjät totesivat koneen ohjauksen toimivan epänormaalisti ja korkeusvakaimen jumittuneen. Koneella saattoi lentää, mutta korkeusvakaimen asennon säätäminen (trimmaus) oli mahdotonta. Näin ollen koneen pitäminen vaakalennossa oli erittäin hankalaa. Lentäjät kokeilivat ensin tuloksetta eri pää- ja varajärjestelmien yhdistelmiä saadakseen trimmin toimimaan. Keskusteltuaan asiasta maahenkilökunnan kanssa pilotit päättivät poiketa reitiltä ja laskeutua Los Angelesin kansainväliselle lentoasemalle.
Lentäjät jatkoivat kokeiluja noin seitsemän minuutin ajan suunnanmuutoksen jälkeen. Tällöin he kokeilivat vielä kerran juuttuneen korkeusvakaimen säätöä ns. trimmimoottoreilla. Lentäjien tietämättä tämä viimeinen kokeilu ilmeisesti koitui kohtalokkaaksi, sillä trimmin käyttömoottori onnistui muuttamaan korkeusvakaimen asentoa nostaen vakaimen johtoreunan täysin ylös -asentoon, mistä seurasi välittömästi koneen lähtö syöksyyn.
Suuria ohjausvoimia käyttäen lentäjien onnistui saada kone jotenkuten hallintaansa, ja kone jatkoi matkaa kohti Los Angelesia. Lentäjät päättivät, etteivät enää yrittäisi käyttää korkeusvakaimen trimmiä. Viimeinen radioyhteys lentokoneeseen saatiin koneen ollessa 17 000 jalan korkeudessa.
Noin kymmenen minuuttia ensimmäisen syöksyn jälkeen koneessa kuultiin erittäin voimakas ääni, jonka jälkeen kone lähti välittömästi uuteen syöksyyn. Kone oli hallitsemattomassa lentotilassa ja 81 sekuntia kestäneen syöksyn jälkeen se iskeytyi mereen näköetäisyydellä olleiden muiden koneiden lentäjien seuratessa tapahtumaa. Tapahtumapaikka oli 32 kilometriä luoteeseen Los Angelesista lähellä Point Mugun niemeä Kalifornian rannikolla.
Kone pirstoutui törmäyksessä kappaleiksi, ja kaikki siinä olleet 83 matkustajaa ja viisi miehistön jäsentä saivat surmansa välittömästi.
Yhdysvaltain onnettomuustutkintakeskuksen National Transportation Safety Boardin (NTSB) raportissa todetaan onnettomuuden aiheutuneen trimmin moottoriin liittyvän kierukkaruuvin riittämättömästä voitelusta, minkä johdosta ruuvi jumittui. Kun lentäjät suorittivat kokeiluja saadakseen trimmin toimimaan, kierukkaruuvi petti ja vakaimen johtoreuna nousi ääriasentoonsa, jolloin vakaimen ja sen kautta trimmimekanismiin kohdistui suuri aerodynaaminen voima. Tämän seurauksena trimmin rajoittimet ja kiinnikkeet pettivät kymmenen minuuttia myöhemmin, jolloin vakaimen johtoreuna nousi suunnitellun ääriasentonsa yläpuolelle aiheuttaen syöksyn, josta konetta oli mahdotonta oikaista.
Raportissa todetaan myös, että korkeusvakaimen trimmijärjestelmän suunnittelussa ei ollut varauduttu mekaaniseen rikkoutumiseen. Ilmeisesti suunnittelijat eivät olleet kehittäneet vikaturvallista järjestelmää sen vuoksi, että trimmimoottorin käyttöikä oli suunniteltu niin lyhyeksi, ettei ongelmia ehtisi esiintyä. Ratkaisevaa oli myös se, että tällaisen vian ilmetessä lentäjillä ei ollut ohjeita ongelman lennonaikaiseen korjaamiseen. Turmassa menehtyneet lentäjät katsottiin syyttömiksi onnettomuuteen, ja he tekivät kaikkensa pitääkseen koneen lennossa jopa sen ollessa ylösalaisin viimeisen syöksyn aikana.
Turman takana on myös paljon ristiriitoja. Alaska Airlinesin teknikko oli erotettu virastaan ennen onnettomuutta, koska hän kertoi NTSB:lle yhtiön leikkaavan rajusti lentokoneiden lähtötarkistuksia tiukempien ja tiheämpien aikataulujen hyväksi. Eräs hänen huolenaiheistaan oli nimenomaan trimmin moottorin ja käyttöruuvin voitelun puutteet.lähde?
Turman jälkeen Alaska Airlines lakkautti reitin 261 ja korvasi sen samankaltaisella reitillä 289.
