Bogdanov syntyi Moskovassa venäläis-tataarilaiseen perheeseen ja kävi koulua numero 1000 Solntsevossa. Hän valmistui Plehanovin taloustieteiden akatemiasta 1993 ja suoritti kandidaatin tutkinnon 2002 Moskovan valtionyliopistossa.
Hän on ammatiltaan taloustieteilijä ja on ollut 1990-luvun alusta mukana erilaisissa oppositioryhmissä. Vuodesta 1990 hän on ollut Venäjän demokraattisen puolueen jäsen. Vuonna 1998 hänestä tuli Venäjän demokraattisen puolueen varapuheenjohtaja, mutta vuonna 2001 hän menetti tämän paikan. Joulukuussa 2001 hän liittyi uuteen Yhtenäinen Venäjä -puolueeseen, josta hänet erotettiin toukokuussa 2003.
Toukokuussa 2005 hänet valittiin Venäjän demokraattisen puolueen puheenjohtajaksi. Bogdanov voitti valinnassa Mihail Kasjanovin, joka lähti perustamaan omaa puoluettaan.[1] Puolue asetti hänet ehdokkaaksi vuoden 2008 presidentinvaalissa.