Europarlamentissa Eickhout oli Vihreät / Euroopan vapaa allianssi -ryhmän taloudenhoitaja vuodesta 2012. Vuonna 2019 hänet valittiin ryhmänsä varapuheenjohtajaksi.[2] Hän kuuluu ympäristön, kansanterveyden ja elintarvikkeiden turvallisuuden valiokuntaan sekä talous- ja raha-asioiden valiokuntaan. Lisäksi hän on jäsen EU:n ja Yhdistyneen kuningaskunnan parlamentaarisessa kumppanuuskokouksen valtuuskunnassa sekä suhteista Kiinan kansantasavaltaan vastaavassa valtuuskunnassa.[1]