Roomalaiskaudella paikalla oli keisari Claudiuksen aikana kaupunkioikeudet saanut Municipium Claudia Celeian nimellä tunnettu kaupunki. Se tuhoutui kansainvaellusajalla, mutta heräsi jälleen eloon keskiajalla ja mainitaan ensimmäisen kerran nimellä Cylie 1100-luvun alussa. Celjen kreivit hallitsivat aluetta myöhäiskeskiajalla ja Celje sai kreivi Frederik II:lta kaupunkioikeudet vuonna 1451. Myöhemmin kaupunki joutui Habsburgien haltuun ja siitä tuli yksi Slovenian tärkeimmistä renessanssikeskuksista. Celje liitettiin rautatieverkkoon vuonna 1846. Toisen maailmansodan jälkeen siitä kehittyi teollisuuden ja kaupan keskus.[2]
