Fontana asettui Roomaan vuonna 1563.[1] Hän löysi 1570-luvulla työnantajakseen Felice Perettin eli kardinaali Montalton (myöhempi paavi Sixtus V), jonka toimeksiannosta hän suunnitteli villa Peretti Montalto -huvilan Quirinalis-kukkulalle (1576–1588, myöhemmin purettu) ja Santa Maria Maggioren kirkon Cappella Sistina -hautakappelin (1585).[1][4][5] Vuonna 1585 paaviksi valittu Sixtus V nimitti Fontanan paavinistuimen viralliseksi arkkitehdiksi.[1] Fontana suunnitteli muun muassa Vatikaanin kirjaston rakennuksen (1587–1590) sekä uuden Lateraanipalatsin (1585–1589), joka rakennettiin vanhan paikalle. Hän myös auttoi arkkitehti Giacomo della Portaa viimeistelemään Pietarinkirkon kupolin Michelangelon alkuperäisten suunnitelmien pohjalta vuosina 1588–1590.[1][4][6]
Fontana suunnitteli laajennuksia moniin muihinkin Rooman rakennuksiin, esimerkiksi Apostolisen palatsinPietarinaukion viereiset siivet, joissa paavin asuintilat sijaitsevat, Lateraanikirkon julkisivua hallitsevan kaksikerroksisen esihallin (1586–1589), Palazzo della Cancellerian pääportaalin (1589) sekä edellä mainitun Santa Maria Maggioren hautakappelin ja siellä sijaitsevan Sixtus V:n hautamuistomerkin. Myös aiempi paavi Pius V on myöhemmin haudattu samaan kappeliin. Fontana myös viimeisteli vuonna 1587 Trinità dei Monti -kirkon ja sen kaksiosaiset ulkoportaat. Hän teki muutoksia myös Santa Sabina -kirkkoon, mutta se on sittemmin palautettu alkuperäiseen asuunsa.[2]
Paavi Klemens VIII erotti Fontanan vuonna 1592, kun tätä syytettiin julkisten varojen väärinkäytöstä. Fontana asettui sen jälkeen Napoliin, jossa hän sai viran kuninkaallisena insinöörinä.[1] Fontana suunnitteli Napolin kuninkaallisen palatsin Palazzo Realen ensimmäisen vaiheen (1600–1602) espanjalaisen varakuninkaan tilauksesta.[1][6] Vuonna 1607 kuollut Fontana on haudattu Sant’Anna dei Lombardin kirkkoon Napoliin.[5]
↑ abcdBrigitte Hintzen-Bohlen: Taide & Arkkitehtuuri: Rooma (suom. Maija Pellikka et al.), s. 151, 213, 225, 284, 306, 350, 371, 489, 604. Tandem Verlag (h. f. ullmann) 2006. Alkuteos Kunst & Architektur Rom.