Yhtyeen perustivat LillestrømissäOslon lähistöllä Øyvind Osa, Thomas Fredriksen ja Anders Gjesti vuonna 1998. Jo ennen sitä Anders Gjesti ja Øyvind Osa esiintyivät usean eri rumpalin ja yhtyenimen alla, kunnes Thomas Fredriksenin liityttyä joukkoon muotoutui El Caco. Ensialbumi Viva julkaistiin vuonna 2001 Black Balloon Records -levy-yhtiölle, kansainvälisen jakelun hoiti Music for Nations. Levy sai kehuja lähes kaikissa alan julkaisuissalähde?.
Toinen albumi ilmestyi pitkän Euroopan-kiertueen jälkeen, jonka aikana yhtye opittiin tuntemaan erinomaisena livebändinälähde?. Kesällä 2002 El Caco sulkeutui studioon tuottajansa Daniel Bergstrandin (Meshuggah, In Flames) kanssa äänittämään toista pitkää albumiaan. Tuloksena oli vuonna 2003 julkaistu Solid Rest.
Pari seuraavaa vuotta kului kiertueella, kunnes yhtye aloitti 2004 loppupuolella kolmannen albuminsa The Searchin nauhoitukset. Aluksi oli tarkoitus tuottaa albumi itse, mutta he päätyivät kuitenkin palaamaan yhteistyöhön Daniel Bergstrandin kanssa. Lopputuloksena oli muun muassa vuoden 2005 "Norwegian Alarm Award for best metal album" ("Alarmprisen") ja Norwegian Grammy -ehdokkuus samassa kategoriassa.
Vuonna 2007 julkaistu neljäs albumi From Dirt jatkoi edeltäjiensä linjoilla, tuottajana toimi jälleen Daniel Bergstrand. Loppuvuodesta 2007 tuli ilmoitus yhtyeen rumpalin Thomas Fredriksenin erosta. Uusi rumpali Fredrik Wallumrød (Span, Dog Almighty) liittyi mukaan maaliskuussa 2008. Seuraava levy uudella kokoonpanolla, nimeltään Heat, julkaistiin 2009.
El Cacon managerina toimii entinen jalkapalloilija Dan Eggen.
