Hearts of Iron III on monelta osin edeltäjiensä kaltainen. Siinä nähtäviä uudistuksia ovat:
Leadership, määrittelee montako sotilasyksikköä voidaan keskittää eri asioihin, kuten teknologian kehitykseen (research), vakoojien värväämiseen (espionage), diplomaatteihin (diplomacy) ja sotilaskomentajiin (officers).
Teknologian kehitys on muutettu edellisistä kehitystiimeistä vapaammaksi ja kehityksen nopeudessa auttavat teoreettiset (theoretical) kehitykset, kun taas käytännön (practical) lajin kehittäminen auttaa joukkojen teollisen hinnan laskuna ja ajan vähennyksenä.
Tuotanto on pysynyt muuten samana ja uutena asiana on lisenssinalainen valmistus. Sen perusteena on mahdollisuus ostaa muilta mailta, jotka ovat kehittyneempiä joissain sotilasasioissa, valmistuslisenssi, minkä avulla voi tuottaa määrätyn summan kehittyneempiä joukkoja.
Armeijoiden tekeminen on hieman erilaista kuin ennen. Ne muodostetaan prikaateista, joita tarvitaan vähintään kolme, että voi tuottaa yhden divisioonan, maksimissaan voi laittaa viisi prikaatia yhteen divisioonaan. Tämä tarkoittaa, että voi yhdistää esimerkiksi panssariprikaatin kolmen jalkaväkiprikaatin kanssa ja saada jalkaväkidivisioonan panssarituella.
