KV Kortrijk perustettiin 1971, mutta seuran juuret ovat vuonna 1901 perustetussa SC Courtraisienissa. Seura yhdistyi FC Courtraisienin kanssa 1918 ja muutti nimensä Koninklijke Kortrijk Sportiksi 1951. Nykyinen seura syntyi, kun Koninklijke Kortrijk Sport ja vuonna 1923 perustettu Stade Kortrijk päättivät yhdistyä 1971.
Kortrijk pelasi 1900-luvun alussa muutamia kausia pääsarjatasolla, mutta palasi sinne vasta 1976. Kahta kautta lukuun ottamatta se pelasi pääsarjatasolla vuoteen 1992 asti. Kaudeksi 1998–1999 Kortrijk nousi liigaan, mutta putosi heti. Seura meni konkurssiin 2001, minkä seurauksena se pudotettiin kolmannelle sarjaportaalle. Kortrijk nousi 2. divisioonaan 2004 ja pääsarjatasolle 2008.
