Vuonna 67 keisari Neron asema horjui. Senaattoreita karkotettiin ja murhattiin, ja monet provinssien maaherrat punoivat juonta Neron kaatamiseksi. Hispania Tarraconensiksen maaherra Servius Sulpicius Galba huudettiin keisariksi kesäkuussa 68 Legio VI:n leirissä. Galba lähti vastaperustetun Legio VII Geminan kanssa Roomaan ja jätti kuudennen legioonan Hispaniaan. Tammikuussa 69 Germania Inferiorin maaherra Aulus Vitellius huudettiin keisariksi. Samaan aikaan Galba murhattiin, ja Marcus Salvius Otho nousi keisariksi. Vitelliuksen joukot kuitenkin kukistivat hänet maaliskuussa Cremonassa käydyssä taistelussa, minkä jälkeen Otho teki itsemurhan. Heinäkuussa Juudean ja Egyptin armeija huusi Titus Flavius Vespasianuksen keisariksi. Pian Vespasianukselle uskolliset joukot voittivat Vitelliuksen Cremonassa ja Vespasianus nousi keisariksi.
Verisen sisällissodan aikana Reinin raja oli jäänyt suojaamattomaksi. Bataaviengermaaniheimo käytti tätä hyväkseen ja kapinoi roomalaisia vastaan. Aluksi bataavit menestyivät hyvin, mutta vuonna 70 Vespasianus lähetti suuren armeijan bataaveja kukistamaan. Tähän kuului myös Legio VI Victrix ja sen komentaja Sextus Caelius Tuscus. Kapina kukistettiin ja legioona jätettiin vartioimaan Reinin rajalinjaa Novaesiumin kaupunkiin Germania Inferiorin provinssissa.
Saturninuksen kapina
Vuonna 89 Germania Superiorin maaherra Lucius Antonius Saturninus kapinoi keisari Domitianusta vastaan. Germania Inferiorin armeija, johon kuuluivat Legio VI Victrix, Legio I Minervia, Legio X Gemina ja Legio XXII Primigenia, sai käskyn marssia etelään ja kukistaa kapina. Tämä onnistui ja jokainen legioona sai keisarilta arvonimen Pia Fidelis Domitiana (suom.Domitianukselle uskollinen ja luotettava). Kun Domitianus murhattiin vuonna 96, arvonimen viimeinen osa Domitiana pudotettiin pois.
Toinen vuosisata
Ensimmäisen vuosisadan lopulla Legio VI Victrix siirrettiin Castra Veteraan, missä se korvasi XXII Primigenian. TrajanuksenDaakian sotien aikana vuosina 101–102 ja 105–106 legioonan lippukuntia palveli muun muassa Tonavalla. Vuonna 122 legioona siirrettiin Britanniaan, missä se osallistui Hadrianuksen muurin rakentamiseen. Vuosina 139–142 legioona oli rakentamassa Antoninuksen muuria pohjoisempana. Vuonna 155 Britanniassa puhkesi laaja kapina, jonka tukahduttamiseen tarvittiin kolme vuotta. Legioonat kärsivät kovia tappioita, ja vahvistuksia otettiin Germanian legioonista.
Vuosina 165–166 tuleva keisari Publius Helvius Pertinax palveli legioonassa. Hänen kuolemansa jälkeen vuonna 193 valtakunnassa syntyi uusi sisällissota Italian Didius Julianuksen, Tonavan Septimius Severuksen, idän Pescennius Nigerin sekä Gallian ja Britannian Clodius Albinuksen kesken. Severus liittoutui ensin Albinuksen kanssa, jolloin hän pystyi kukistamaan Nigerin ja Julianuksen joukot. Vuonna 196 Clodius havitteli koko valtakuntaa itselleen ja toi Britannian legioonat mukanaan Galliaan. Clodiuksen armeija kuitenkin kukistettiin suuressa taistelussa, joka käytiin Lugdunumin lähellä. Tämän jälkeen Septimius Severuksesta tuli valtakunnan kiistaton hallitsija.
Kun Britannian legioonat, VI Victrix mukaan lukien, palasivat takaisin provinssiinsa, ne joutuivat valtaamaan takaisin Eboracumin, joka oli provinssin vallanneiden britannialaisheimojen hallussa. Tämän jälkeen legioonan sotilaat osallistuivat Hadrianuksen muurin korjaamiseen. Vuonna 208 Septimius Severus matkasi Britanniaan ja marssi sotaretkelle Skotlantiin paikallisia heimoja vastaan. Myös Legio VI Victrix osallistui Severuksen Britannian sotaretkeen ja sai arvonimen Britannica. 200-luvulla Severuksen valloittamat alueet kuitenkin hylättiin ja Victrix pysyi Eboracumissa.
Myöhäisantiikki
Kun Gallian keisarikunta keisari Postumuksen johdolla irtautui keskushallinnosta vuonna 260, Britannian legioonat, VI Victrix mukaan lukien, tukivat Postumusta. Keisari Aurelianus kuitenkin kukisti Gallian keisarikunnan joukot vuonna 274, ja Britannia liitettiin takaisin Rooman valtakuntaan. Vuosina 286–297 Britannia kapinoi uudestaan ja legioona kannatti Carausiusta ja Allectusta. Vuonna 306 Legio VI Victrixin sotilaat huusivat Konstantinus Suuren keisariksi Eboracumissa. 300–400-luvulla legioona kärsi varmasti kovia tappioita kapinoissa ja paikallisten heimojen hyökkäyksissä. Legioona luultavasti evakuoitiin takaisin Galliaan vuonna 402 Stilichon määräyksestä. Tämän jälkeen legioona katoaa lähteistä.