Napoleonin sotien aikana Belgrano taisteli englantilaisia vastaan näiden yrittäessä vuosina 1806 ja 1807 maihinnousua Río de la Platan alueelle. La Platan varakuningaskunnan irtauduttua Napoleonin sodissa heikentyneestä Espanjasta vuonna 1810, Belgranosta tuli maata hallitsevan juntan jäsen. Vuonna 1812 hän määräsi Argentiinan kansallislipun käyttöönoton Rosariossa. Vuonna 1811 armeija lähti kenraali Belgranon johdolla palauttamaan Buenos Airesin hallintoa vastaan kapinoinutta Paraguayta juntan hallintaan, mutta paraguaylaisjoukot torjuivat Belgranon hyökkäyksen. Belgrano kukisti espanjalaismieliset joukot Tucumánissa ja Saltassa Argentiinan luoteisosassa, mutta kärsi tappion nykyisen Bolivian alueella vuonna 1813. Hänet syrjäytti armeijan komentajana José de San Martín vuonna 1814.[1][2][3]
Belgrano matkusti Eurooppaan etsimään Argentiinalle kuningasta Bernardino Rivadavian kanssa, josta tuli myöhemmin Argentiinan tasavallan ensimmäinen presidentti.[1]
