Praetorius oli tuottelias säveltäjä. Hänen musiikissaan oli vaikutteita muun muassa Samuel Scheidtin ja Heinrich Schützin musiikista. Praetoriuksen sävellyksiin kuuluu muun muassa paljon laulumusiikkia sekä Terpsichore-niminen tanssisarja.
Praetorius kirjoitti kolmiosaisen musiikkitietokirjan Syntagma Musicum (1614–1620).[2] Teos ilmestyi 1615 Wittenbergissä ja siitä tuli vuosisatojen ajaksi evankelisten kirkkojen liturgisen musiikin suuntaviivoja esittelevä teos. Hän julkaisi myös kokoelman Musae Sioniae (pain. 1609), joka oli kokoelma moniäänisiä ja monikuoroisia koraalisovituksia. Näiden joukossa on neliääninen kantionaalisovitus virteen ”Es ist ein Ros entsprungen" ("On ruusu Iisain juuren", Suomen evankelis-luterilaisen kirkon virsikirjan virsi 23, Ruotsin kirkon virsikirja 113). Sävelmän vanhin tunnettu muoto on Alte Catholische Geistliche Kirchen-gesang -kirjassa vuodelta 1599. Kirja tunnetaan myös Speyrerer Gesangbuch -kirjana. On oletettu, että sävelmä olisi tuota vuotta vanhempi.[3][1]
↑Per Olof Nisser, Inger Selander, Hans Bernskiöld: Psalmernas väg. Kommentaren till text och musik i Den svenska psalmboken
Band 1 Psalmerna 1- 204 av den ekumeniska psalmboksdelen. s. 298. Wessmans musikförlag AB Visby, 2014. ISBN 978-91-8771-034-6(ruotsiksi)