Opeth perustettiin vuonna 1990 Tukholmassa. Yhtyeen perustajajäseninä toimivat David Isberg ja myöhemmin myös, ainakin suurena suunnannäyttäjänä Mikael Åkerfeldt, joka on myös nykyisin osana Opethin soittajaviisikkoa. Åkerfeldt liittyi Opethiin basistiksi, mutta siirtyi pian kitaristiksi, kun Isbergiin tyytymättömät, isomman julkisuuden ulkopuolelle jääneet muut alkuperäisjäsenet lähtivät yhtyeestä protestina sille, että Isberg ei ollut kysynyt muiden mielipidettä Åkerfeldtin hankkimisesta yhtyeeseen. Isberg jatkoi kuitenkin laulajana yhtyeessä. Kokoonpano vaihteli runsaasti ennen yhtyeen ensimmäisen albumin julkaisemista; yhtye oli jo aloittanut keikkailun, mutta etsi vielä varsinaista musiikillista suuntaansa. Ensimmäiseen ehjään kokoonpanoon kuuluivat toiseksi kitaristiksi hankittu Peter Lindgren, basisti Johan DeFarfalla ja rumpali Anders Nordin. Perustaja Isberg oli kuitenkin jättänyt yhtyeen vuonna 1992 musiikillisten erimielisyyksien takia, ja Åkerfeldt oli ottanut hänen paikkansa yhtyeen laulajana, pitäen kiinni edelleen myös toisen kitaristin paikastaan. Tällä kokoonpanolla yhtye julkaisi ensimmäisen albuminsa Orchidin vuonna 1995.
Opeth julkaisi tunnelmallisen Morningrisen (1996), jonka tuotti tunnettu Dan Swanö. Morningrisen ilmestymisen jälkeen Opeth teki muutamia keikkoja Isossa-BritanniassaMorbid Angelin ja The Blood Divinen kanssa. Tämän jälkeen he tekivät ensimmäisen pitkän kiertueensa Cradle of Filthin kanssa. Kiertueen jälkeen vuonna 1996 DeFarfalla erotettiin yhtyeestä. Tämän jälkeen rumpali Anders Nordin erosi ja muutti Brasiliaan[1] (Arkistoitu – Internet Archive). DeFarfallan korvasi basisti Martín Méndez ja Anders Nordinin rumpali Martin Lopez, joka oli ennen siirtymistään soittanut Amon Amarth -yhtyeessä.
Vuonna 1998 Opeth julkaisi kolmannen levynsä, My Arms, Your Hearse, joka herätti yhä suurempaa kiinnostusta yhtyettä kohtaan. Fredrik Nordströmin tuottamalla levyllä oli suhteellisen selkeä äänimaailma edellisiin tuotoksiin nähden. Vuoden päästä julkaistu Still Life herätti entistäkin enemmän kiinnostusta, ja tällöin yhtye teki ensimmäisen keikkansa Yhdysvalloissa, Milwaukee Metalfestissä. Opethin varsinainen läpimurtoalbumi, Blackwater Park, julkaistiin vuonna 2001. Levyn tuotti Porcupine Tree -yhtyeen keulahahmo Steven Wilson. Wilson toimi myös taustalaulajana, sekä soitti muutamia kitara- ja piano-osuuksia.
Tätä seurasi, myös Steven Wilsonin tuottama, vuonna 2002 julkaistu Deliverance. Albumi sisältää viisi yli kymmenminuuttista kappaletta sekä yhden noin kahden minuutin mittaisen instrumentaalikappaleen. Deliverance on yksi Opethin raskaimmista albumeista. Vuonna 2003 julkaistiin samaan aikaan Deliverancen kanssa äänitetty Damnation. Albumi oli lähes täysin akustinen tunnelmalevy, vastapainona Deliverancen raskaudelle. Damnation on saavuttanut Opethin albumeista ehkä suurimman suosion johtuen sen metallikansan ulkopuolisillekin korville sopivasta soundista ja raa'an death metal -laulun puuttumisesta. Albumi olikin yhtyeelle ensimmäinen, joka ylsi Yhdysvaltojen Billboard-albumilistalla sijalle #192. [1]
Ensimmäisen videotallenteen yhtye julkaisi vuonna 2003. Lamentationsiksi nimetty DVD sisälsi kaksiosaisen keikan: ensimmäinen osuus koostui koko Damnation-levystä ja Blackwater Park -levyn kappaleesta "Harvest", toinen puolisko sisälsi Opethin raskaampaa materiaalia levyiltä Blackwater Park ja Deliverance. Lisäksi DVD sisälsi videomateriaalia Deliverancen ja Damnationin teosta.
Vuonna 2005 Opeth julkaisi albumin Ghost Reveries, jolla "virallisesti" soittaa myös kosketinsoittaja Per Wiberg. Hänet oli otettu yhtyeeseen keikkamuusikoksi Deliverance-kiertueella. Kauan liikkuneet huhut Martin Lopezin eroamisesta vahvistettiin vuoden 2006 toukokuussa. Syiksi mainittiin Lopezin sairastelu ja paniikkihäiriöt. Hänen tilalleen rumpuja soittamaan valittiin jo pitkään hänen sijastaan kiertueilla soittanut Martin Axenrot.
Toukokuussa 2007 Peter Lindgren ilmoitti siirtyvänsä syrjään Opethin kitaristin tehtävistä.[2] Syyksi Lindgren ilmoitti pitkään jatkuneen kovan työtahdin aiheuttaman rasituksen. Samana päivänä yhtye ilmoitti uudeksi kitaristiksi Arch Enemystä tutun Fredrik Åkessonin. Uuden kokoonpanon tiimoilta julkaistiin 30. toukokuuta 2008 yhtyeen studiolevytys Watershed. Keväällä 2010 Opeth teki juhlakiertueen 20-vuotisen uransa kunniaksi. LontoonRoyal Albert Hallissa nauhoitettu keikka julkaistiin DVD:llä In Live Concert at the Royal Albert Hall. Huhtikuussa 2011 Opeth ilmoitti kosketinsoittaja Per Wibergin poistuneen yhtyeen kokoonpanosta. Mikael Åkerfeldtin mukaan päätös teiden erkanemisesta oli yhteinen. Wiberg kuitenkin soitti vielä vuoden 2011 syyskuussa julkaistulla Heritage-albumilla.[3] Yhtyeen uudeksi kosketinsoittajaksi valittiin Joakim Svalberg.[4]
Elokuussa 2012 Åkerfeldt ilmoitti yhtyeen aloittaneen uusien kappaleiden kirjoittamisen.[5] 26. elokuuta 2014 Opeth julkaisi yhdennentoista studioalbuminsa Pale Communion[6]
Kesäkuussa 2016 Nuclear Blast Entertainment ilmoitti Opethin liittymisestä studioonsa. Kolme päivää myöhemmin Opeth julkaisi 30 sekuntia pitkää ''esimakua'' heidän tulevalta albumiltaan nimeltään Sorceress. Kuukautta myöhemmin heinäkuussa yhtye vahvisti, että albumi julkaistaisiin 30. Syyskuuta, lisäksi paljastaen kansikuvan ja albumin kappalelistan. Mikael Åkerfeldt kuvaili sitä ''melko hyvänä'' albumina. Åkerfeldt sanoi että: ''Minun suosikkini diskografiassamme tällä hetkellä. Tietenkin. Niin sen kuuluisi ollakin, eikö? Siinä on kumpaakin tuoretta ja vanhaa, sekä progressiivista, että uudelleenlämmitystä. Heavya ja fiilistelyä. Juuri kuten siitä pidämme.''
25. heinäkuuta 2016 albumin työstämisvaiheessa bändi julkaisi ensimmäisen "Making of" -episodin Sorceress-albumin työstämisestä heidän YouTube-kanavallaan. Behind the scenes -studiokiertueella varmistui, että bändi on palannut Rockfield-studiolle, missä he aikaisemmin äänittivät edellisen albuminsa Pale Communionin. Videon lopussa löytyy 20 sekunnin katkelma kappaleesta, jonka uskotaan olevan tulevalta albumilta mukanaan voimakkaasti alas viritetyt kitarat fanien yllättämiseksi.
Yhtyeen kolme ensimmäistä albumia julkaistaan vinyylinä 19. toukokuuta 2023. Mikael Åkerfeldt uudelleenmasteroi albumit Abbey Road Studiolla tuottaja Jens Bogrenin kanssa.[7]