Kymmenvuotiaana van der Vaart osallistui amsterdamilaisen suurseuran Ajaxin koetilaisuuteen. Hänen taitonsa huomattiin nopeasti, ja hän pääsi koeajalle ja jäi lopulta pysyvästi seuraan. Van der Vaart teki debyyttinsä Ajaxin edustusjoukkueessa 17-vuotiaana 1–1-tasapelissä Den Boschia vastaan kaudella 1999–2000.
Kaudella 2000–2001 van der Vaart sai rutkasti enemmän peliaikaa kuin ensimmäisellä kaudellaan. Hänen hyökkäyslahjansa huomattiin, ja hän sai pelipaikan Co Adriaansen miehistössä hyökkäävänä keskikenttäpelaajana. Ajaxin kannattajat valitsivat hänet seuran vuoden lahjakkuudeksi, ja hänet valittiin italialaisen jalkapallolehden Calcio Managerin äänestyksessä Euroopan lahjakkaimmaksi jalkapalloilijaksi.[2] Seuraavalla kaudella van der Vaart kärsi kaksi vakavaa polvivammaa. Vaikka iso osa kaudesta meni loukkaantuneena, hän onnistui tekemään Ajaxille 14 maalia. Kautta 2003–2004 varjostivat jälleen loukkaantumiset, mutta niistä huolimatta Van der Vaart onnistui tekemään 18 maalia pelaamassaan 21 sarjaottelussa.
Kauden 2004–2005 alussa valmentaja Ronald Koeman päätti nimetä van der Vaartin edustusjoukkueen kapteeniksi. Hän loukkaantui 18. elokuuta pelatussa maaottelussa Ruotsia vastaan Ajax-joukkuekaveri Zlatan Ibrahimovićin taklauksesta. Tämä johti Ibrahimovićin äkkinäiseen myyntiin italialaisseura Juventukseen kuun lopussa. Ajax yritti kuumeisesti etsiä uutta hyökkääjää onnistumatta. Van der Vaartin palattua valmentaja Koemanilla ei ollut muuta vaihtoehtoa kuin laittaa hänet hyökkäykseen kehnosti pelanneen Wesley Sonckin tilalle.
Heikkojen esitysten myötä Koeman otti joulukuussa 2004 kapteeninnauhan pois van der Vaartilta. Hän sai medialta paljon kritiikkiä: häntä haukuttiin ylipainoiseksi ja syytettiin liiallisesta juhlimisesta morsiamensa Sylvie Meisin kanssa. Joukkueen uudeksi valmentajaksi tuli Danny Blind, jonka aikana van der Vaart oli suurimman osan ajasta loukkaantuneena. Hän ilmoitti haluavansa pois Ajaxista kauden jälkeen. Ajax myi van der Vaartin 1. kesäkuuta 2005 SaksanBundesliiganHSV:hen 5,5 miljoonalla eurolla.
Hamburger SV
Siirtyminen HSV:hen tuli jalkapallomaailmalle yllätyksenä; seura oli nähnyt loiston päivänsä, ja huolimatta vaikeista Ajax-kausista van der Vaartia pidettiin edelleen todella lupaavana pelaajana. Siirto osoittautui kuitenkin positiiviseksi tekijäksi van der Vaartin uralla. Hän johti joukkueen vuoden 2005 Intertoto Cupin voittoon, ja Bundesliigan kolmas sija takasi paikan seuraavan kaudenMestarien liigassa. Van der Vaart oli joukkueen paras maalintekijä.
Kaudella 2006–2007 van der Vaart nostettiin HSV:n kapteeniksi. Loukkaantuminen ajoi kuitenkin hänet jälleen kentän reunalle. Loukkaantumisen aikana joukkue oli sarjassa putoajan paikalla ja voitti vain kerran ennen talvitaukoa. Van der Vaartin paluulla oli selvä vaikutus, etenkin Mestareiden liigassa, jossa hän teki kolmessa ottelussa yhtä monta maalia. Tulokset antoivat joukkueelle toivoa 16 parhaan joukkoon pääsystä. HSV sijoittui kuitenkin lohkonsa viimeiseksi Arsenalin, Porton ja TsSKA Moskovan taakse. Van der Vaart sai sijoituksesta huolimatta paljon ylistystä suorituksistaan. HSV selvisi Van der Vaartin johdolla ulos putoajan paikalta, voittaen Bayern Münchenin, Schalken ja Werder Bremenin. Joukkue sijoittui seitsemänneksi ja selviytyi seuraavan kauden Intertoto Cupiin.
Van der Vaart oli jälleen hyvässä pelikunnossa kaudella 2007–2008 ja teki 12 maalia HSV:n taistellessa pitkään Bundesliigan kakkossijasta. Lopulliseksi sijoitukseksi jäi neljäs, joka oikeutti paikkaan seuraavan kauden UEFA Cupissa. Euroopassa joukkue selvisi Intertoto Cupin kautta UEFA Cupiin, jossa se ylsi neljännesvälieriin.
Real Madrid
Vuodesta 2007 lähtien van der Vaart oli lukuisten siirtohuhujen kohteena ja lopulta elokuussa 2008 hän siirtyi äitinsä synnyinmaan Espanjan suurseuraan Real Madridiin.[3] Urheilulehti Marcan mukaan madridilaisseura maksoi HSV:lle 10–13 miljoonan euron siirtokorvauksen.[4] Joukkueeseen kuuluivat jo entuudestaan van der Vaartin maanmiehet Royston Drenthe, Ruud van Nistelrooy, Arjen Robben ja Wesley Sneijder.
Van der Vaart pelasi Madridissa yhteensä kahden kauden ajan, saldonaan 11 maalia 58 La Liga-ottelussa.
Tottenham Hotspur
31. elokuuta 2010 siirtoikkunan viimeisenä aukiolopäivänä van der Vaart siirtyi englantilaisseura Tottenhamiin 10 miljoonan euron siirtokorvauksella.[5] Hän pelasi lontoolaisseurassa kahden kauden ajan.
Paluu Hampuriin
Van der Vaart siirtyi elokuussa 2012 takaisin vanhaan seuraansa Hamburger SV:hen. Hänet nimettiin huhtikuussa 2013 joukkueen uudeksi kapteeniksi.