Siikajoen seurakunta liittyi Siikasalon seurakuntaan 1. tammikuuta 2007 eli samaan aikaan kuin Ruukin ja Siikajoen kunnat yhdistyivät. Ruukin seurakunta oli jo aiemmin yhdistynyt Vihannin seurakunnan kanssa Siikasalon seurakunnaksi. Vuoden 2013 alusta lähtien Siikasalon seurakunta on ollut osa Raahen seurakuntaa, koska Vihannin kunta liitettiin Raahen kaupunkiin[1], ja tämä liitos vei myös siikajokelaiset seurakunnallisesti osaksi Raahea.
Siikajoen seurakunta perustettiin Salon seurakunnan kappeliksi 1590. Ensimmäinen kirkko oli mahdollisesti rakennettu vuotta aiemmin. Venäläiset polttivat kirkon vuonna 1591. Toinen kirkko rakennettiin nykyisen kirkon paikalle vuonna 1600. Nykyinen kirkko eli Siikajoen seurakunnan kolmas kirkko rakennettiin vuonna 1701. Vanha kirkko oli purettu uuden tieltä.
Kirkkoa uusittiin vuonna 1765 ja samana vuonna Jaakko Suonperä rakensi kirkkoon saarnastuolin. Vuosina 1771–1772 kuuluisa kirkkomaalari Mikael Toppelius koristeli kirkkoa maalauksillaan. Alttaritaulu Jeesus Getsemanessa on myös Toppeliuksen työtä. Nykyisen ulkomuotonsa kirkko sai Oulun lääninarkkitehdin Johan Oldenburgin suunnittelemana 1852. Kirkon vieressä on kellotapuli, ja sen välittömässä läheisyydessä on Siikajoen taistelun muistomerkki.
