Shorter soitti 1950-luvun loppupuoliskolla lyhyen aikaan sekä Horace Silverin kvintetissä että Maynard Fergusonin big bandissä.[2] Shorterin ensimmäinen merkittävä yhtye oli Art Blakeynhard bop -yhtye The Jazz Messengers, jossa hän soitti 1959–1963. Siinä olivat Art Blakeyn lisäksi mukana muun muassa Lee Morgan ja Freddie Hubbard. Shorter sävelsi monia kappaleita yhtyeelle ja toimi myös loppuaikana sen musikiillisena johtajana.[3]
Vuonna 1964 Shorter liittyi Miles Davisin kvintettiin. Davisin, Shorterin, Herbie Hancockin, Ron Carterin ja Tony Williamsin muodostama yhtye oli 60-luvun merkittävimpiä jazz-kokoonpanoja. Se julkaisi monia kokeellisia albumeita, ja Shorter oli säveltämässä muun muassa Nefertiti- ja E.S.P.-albumien nimikkokappaletta.[3]
Shorter oli jo vuonna 1959 julkaissut ensimmäisen sooloalbuminsa, ja esimerkiksi vuonna 1964 hän äänitti kolme arvostettua albumia, Night Dreamerin, JuJun ja Speak No Evilin. Shorterin musiikki muuttui 1960-luvun puolivälissä vapaammaksi ja atonaalisemmaksi. Hän alkoi myös yhdistää jazziin rockia ja latinalaisen Amerikan musiikkia sekä muita tyylejä.[3]
Weather Report hajosi vuonna 1986, ja Shorterin 1990-luvun merkittävin yhtye oli Miles Davisin 60-luvun kvartetin uusi tuleminen nimellä V.S.O.P. Herbie Hancockin kanssa Shoerter muodosti 1997 duon, jonka albumilla 1+1 oli kappale ”Aung San Suu Kyi”, josta duo sai Grammy-palkinnon.[4]
Shorterin ensimmäinen pysyvä yhtye oli vuonna 2000 perustettu kokoonpano, jossa olivat mukana Brian Blade, Danilo Pérez ja John Patitucci.[4] Yhtye julkaisi neljä albumia, joista viimeinen Emanon ilmestyi vuonna 2018. Shorter ilmoitti tuona vuonna myös lopettavansa uransa heikon terveyden takia.[5] Hän ehti voittaa uransa aikana muun muassa 12 Grammyä.[6] Shorter vieraili viimeksi kesällä 2015 Porin jazzfestivaaleilla.
Yksityiselämä
Shorter oli kolmesti naimisissa. Hänen ensimmäinen vaimonsa Teruko Nakagamin hän nai vuonna 1961, toisen vaimonsa Ana Maria Patricio 1970 ja kolmannen vaimonsa Carolina Dos Santosin 1999. Hän sai lapsen sekä ensimmäisen että toisen vaimonsa kanssa. Patricion ja Shorterin lapsi kuoli 14-vuotiaana ja Patricio 1996 TWA:n lennon 800 räjähdyksessä. Onnettomuudessa kuoli kaikkiaan 230 ihmistä.[3]