Y-kromosomi on toinen ihmisen kahdesta sukupuolikromosomista. Y-kromosomi on kaikilla XX-XY-sukupuolenmääräytymisjärjestelmää noudattavilla lajeilla, kuten istukkanisäkkäillä.[1]Miehellä on yksi Y-kromosomi, jonka hän on saanut isältään, naisella ei yhtään. Ihmisen sukupuolen määrääkin Y-kromosomin SRY-geeni, joka saa sikiön kehittymään miespuoliseksi. Y-kromosomin muut geenit vaikuttavat miehen hedelmällisyyden kehitykseen.[2]
Ihmisen Y-kromosomissa on noin 59 miljoonaa DNA:nemäsparia, mikä vastaa hiukan alle kahta prosenttia solun DNA:sta. Y-kromosomissa on luultavasti 50–60 geeniä.[2]
Y-kromosomin ja X-kromosomin, toisen sukupuolikromosomin, kärjet vaihtavat joskus perimäainesta keskenään, vaikka Y-kromosomi onkin paljon pienempi kuin X-kromosomi.[3]