Le pape Alexandre VI le crée cardinal in pectore lors du consistoire du mais cette nomination n'est publiée que le . Le cardinal d'Albret est nommé abbé commendataire de l'abbaye de Notre-Dame de Guîtres et de l'abbaye de Saint-Aubert de Cambrai. En 1502, le pape donna l’évêché de Pamiers en commande à Amanieu, cardinal d’Albret, mais il n’en jouit pas, parce que Mathieu d’Artigalupa, qui fut maintenu par arrêt du parlement de Paris en 1506. Il participe aux deux conclaves de 1503 avec l'élection de Pie III et Jules II, mais ne participe pas au conclave de 1513 (élection de Léon X).
Le cardinal d'Albret est nommé administrateur de Vannes et administrateur de Bazas en 1504, administrateur de Lescar en 1507, administrateur de Pampelune en 1510. Il participe au coup d'État contre le pape Jules II en 1511 et participe au concile schismatique de Pise en 1511. D'Albret est encore administrateur de Pamiers et administrateur de Couserans et abbé commendataire de l'abbaye de Saint-Paul de Nérac.
Œuvre
Antiquae constitutiones synodales Vasatensis diocesis per illustrissimum ac reverendissimum D. Cardinalem d'Albreto, episcopum Vasatensem in ordinem redactae, Bordeaux, Simon Millanges, , 61 p. (lire en ligne).
