Le ZAVNOH manifeste cependant une indépendance croissante : Hebrang va jusqu'à le présenter comme le successeur du Sabor (le parlement national croate) et à réclamer une autonomie accrue après-guerre pour la Croatie[2]. La faction de Hebrang impose l'usage du drapeau croate dans les zones contrôlées en Croatie par les Partisans, et les résistants communistes serbes doivent se soumettre à l'autorité de commissaires politiques croates. Confronté à des défections de recrues serbes au profit des Tchetniks, la direction croate exécute plusieurs récalcitrants au cours d'un « procès stalinien ». Tito envoie alors Edvard Kardelj et Milovan Djilas réorganiser la section croate des Partisans : Hebrang est démis à l'été 1944 de ses fonctions au ZAVNOH, puis au Comité central[3].
Après-guerre, à la suite de la rupture soviéto-yougoslave, Hebrang est soupçonné par le camp de Tito de comploter pour le compte de Staline. Il est arrêté par l'UDBA, tandis que sa femme et ses enfants sont mis en résidence surveillée. Il meurt en prison dans des circonstances mal élucidées, probablement assassiné dans sa cellule en 1949. Sa famille ne reçoit aucun certificat de décès.
