Sa carrière de chef d'orchestre prend une tournure nouvelle lorsque, sur la recommandation de Wagner, il est nommé chef à l'Opéra de Leipzig, où il demeure jusqu'à ce qu'en 1882 il parte en tournée avec la troupe de L'Anneau du Nibelung d'Angelo Neumann(en), notamment à Brême de 1883 à 1885, et à Prague. En 1885, il épouse la chanteuse autrichienne Auguste Kraus(de).
C'est en que Seidl se produit pour la première fois en tournée à New York, il dirige Lohengrin en novembre au Metropolitan Opera où, l'année suivante, il obtient un succès retentissant en dirigeant Tristan und Isolde avec Lilli Lehmann et Albert Niemann dans les rôles principaux. C'est à partir de là qu'il s'installe définitivement à New York et dirigera régulièrement l'orchestre du Metropolitan Opera jusqu'en 1897[1]. En 1891, il dirige la première de Parsifal à Boston, et la même année, il est nommé directeur musical de l'Orchestre philharmonique de New York, à la tête duquel il restera jusqu'à sa mort en 1898 ; c'est ainsi qu'il dirige le à Carnegie Hall la création mondiale de la neuvième symphonie, « Du nouveau monde », de Dvořák, dont l'impact sur la musique classique américaine sera considérable.
À partir de son installation à New York, ses relations avec la famille Wagner, notamment avec Cosima Wagner, se font plus distantes, et il ne retournera qu'une seule fois à Bayreuth, en 1897, pour y diriger Parsifal.
Le prix Anton Seidl, décerné par la Wagner Society de New York, récompense les meilleures interprètes de Wagner qui se sont produits au Metropolitan Opera ; parmi les lauréats figurent notamment James Levine, Birgit Nilsson et Jon Vickers.
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