Elle soutient en 2007 une thèse de doctorat en Sciences économiques à l'université de Bourgogne sur les politiques agricoles européennes[1]. Elle devient maître de conférences à Agrosup Dijon de 2007 à 2013, elle multiplie les allers-retours entre la Bourgogne, Montreuil où elle s'est installée avec sa fille et son compagnon, et Paris pour ses activités de recherche[1]. Elle est maître de conférences en économie à AgroParisTech depuis 2014 (UMR Prodig)[4].
Elle s'implique au niveau local dans le groupe Attac21, dont elle devient vice-présidente en 2005, et dans le groupe Attac Campus Dijon à partir de 2002. Elle devient également membre du Forum social local 21, et de la commission Europe d'Attac France. Fin 2006, elle déménage à Grenoble[5].
Elle est élue pour la première fois au conseil d'administration d'Attac France en juin 2006[2],[6]. Après l'annulation du premier scrutin, elle est réélue en , en tête de tous les candidats[6]. Le CA la désigne coprésidente, avec Jean-Marie Harribey[6]. Puis elle est de nouveau réélue en décembre 2009 et désignée par le CA coprésidente avec Thomas Coutrot.
Le 6 juin 2011, elle annonce sa candidature (qui ne sera pas recevable, faute d'être présentée par un État) pour la direction générale du Fonds monétaire international à la suite de la démission de Dominique Strauss-Kahn[1].
En 2016, elle est désignée porte-parole d'Attac[2]. En 2020, pendant la période de confinement, elle présente un plan économique de sortie de crise de la pandémie de Covid-19 préparé par Attac et un collectif d'associations anti-libérales[11]. En 2021, elle quitte Attac pour animer une réflexion sur la recomposition d'une force politique de gauche radicale en France[2].
Le business est dans le pré, Paris, Éditions Fayard, coll. « Témoignages/Doc/Actu », 2015, 220 p. (ISBN978-2-213-67887-0)
Le Bloc arc-en-ciel : pour une stratégie politique radicale et inclusive, Paris, La Découverte, 2021, coll. « Petits cahiers libres », 168 p. (ISBN9782348068713)
↑Jean Vettraino, « Aurélie Trouvé, Le business est dans le pré. Les dérives de l’agro-industrie: Fayard, 2015, 220 p., 18 € », Revue Projet, vol. N° 346, no 3, , p. 95a–96 (ISSN0033-0884, DOI10.3917/pro.346.0098, lire en ligne, consulté le )