Les francs CFA n'auront cours qu'après 1945. En 1946, l'archipel des Comores obtenant le statut de Territoire des Comores, tandis que l'île de Madagascar reste sous celui de Colonie, la Banque devient la Banque de Madagascar et des Comores. Elle est transformée en 1950 en établissement semi public et le territoire des Comores et la Colonie de Madagascar en sont les principaux actionnaires.
La Banque stoppe le service de l'émission monétaire au , à la suite du référendum ayant vu le parti des indépendantistes remporter les élections. Le , l'Institut d'émission des Comores est créé en tant qu'agence autonome de la Banque de France. La Banque centrale des Comores est créée en 1980.