Bertel Haarder obtient son premier poste ministériel le en devenant ministre de l'Éducation du premier cabinet de Poul Schlüter. Cinq ans plus tard exactement, il cumule ce portefeuille avec le ministère de la Science, de la Technologie et du Progrès. Le , la coalition de centre-droit est renversée par une alliance de centre-gauche conduite par Poul Nyrup Rasmussen et Haarder quitte ses fonctions.
Ministre de Fogh Rasmussen
Le , après la victoire de la coalition libérale-conservatrice aux législatives, il est nommé ministre des Réfugiés, des Immigrants et de l'Intégration et ministre sans portefeuille, chargé des Affaires européennes, dans le premier cabinet d'Anders Fogh Rasmussen. Son portefeuille des Affaires européennes est supprimé le , mais il obtient, tout en conservant le ministère des Réfugiés, celui de la Coopération pour le développement le .
Lors de la formation du second cabinet Fogh Rasmussen le , il est nommé ministre de l'Éducation et ministre de l'Église. Il ne conservera que le premier des deux dans le troisième cabinet Rasmussen, formé le , et substituera au second le portefeuille de la Coopération nordique.
Ministre de Løkke Rasmussen
Maintenu dans l'ensemble de ses fonctions lors de l'arrivée au pouvoir de Lars Løkke Rasmussen en 2009, il est finalement promu ministre de l'Intérieur et de la Santé lors d'un important remaniement ministériel opéré le .
