Il est ministre de l'Intérieur d'Italie de 2001 à 2002, et à ce titre responsable de la sécurité du sommet du G8 de Gênes, qui s'est soldé par la mort d'un manifestant. Peu après, à la suite de propos controversés concernant l'assassinat d'un universitaire travaillant pour le gouvernement, il remet sa démission.
Il revient au gouvernement en 2003, comme ministre sans portefeuille chargé de la Réalisation du programme gouvernemental, mais change de portefeuille deux ans plus tard pour devenir ministre des Activités productives. Contraint à renoncer en 2006, à la suite de la défaite de Silvio Berlusconi aux élections législatives, il est choisi comme ministre du Développement économique en 2008 dans le gouvernement Silvio Berlusconi IV, formé après la victoire de la droite aux élections anticipées.
En 1972, il obtient un baccalauréat en lettres classiques, puis devient administrateur de l'Institut national d'assistance aux dépendants dans les Entités locales (INADEL) d'Imperia. Trois ans plus tard, en 1975, il prend la présidence de l'Hôpital régional de Costarainera, puis celle de l'Unité sanitaire locale (USL) d'Imperia en 1980.
Il est désigné responsable national à l'Organisation de Forza Italia et se voit chargé de rédiger des statuts afin d'en faire un vrai parti politique, avec une structure bien définie et bien implanté sur le territoire italien. Deux ans plus tard, en 1998, se tient le Ier congrès du parti, au cours duquel sont approuvés les statuts et Scajola est nommé coordinateur national.
À ce poste, il est notamment chargé d'assurer la sécurité du 27e sommet du G8, qui se tient à Gênes du 20 au . Les mesures de sécurité prises permettent d'isoler la zone de réunion, mais le reste de la ville est le théâtre de véritables émeutes qui se solderont par la mort d'une personne. En , Scajola affirme avoir « été obligé de donner l'ordre de tirer » à la police[1] mais se rétracte peu après[2], à la suite de la polémique déclenchée par ses propos.
Peu après, le , le professeur Marco Biagi, consultant pour le gouvernement, est assassiné, et Scajola se retrouve au centre d'une nouvelle polémique pour avoir enlevé à ce dernier la protection dont il bénéficiait, alors même qu'il craignait pour sa vie. Le 30 juin suivant, il déclare que s'il avait laissé cette protection, il y aurait eu « trois morts » et non un seul. Alors que les journalistes lui rappellent que Biagi était une figure centrale dans la négociation sur la réforme du travail, le ministre répond que « Roberto Maroni [ministre du Travail] est la figure centrale », et que ça lui ferait « mal au cul » si Maroni avait voulu renouveler le contrat de consultant de l'universitaire[3].
Démission, puis retour au gouvernement
À la suite de ces affirmations, le ministre de l'Intérieur démissionne le et se voit remplacé par Giuseppe Pisanu[4].
En 2002, il est nommé coordinateur de la campagne électorale de Forza Italia pour les élections locales.
Le , il démissionne de son poste de ministre, car il est soupçonné d'avoir bénéficié de pots-de-vin lors de l'acquisition en d'un appartement en plein cœur de Rome, avec vue sur le Colisée, pour un prix officiel notablement en dessous du marché de 600 000 euros[7].
Arrestation
Le , il est arrêté par la direction anti-mafia de Reggio de Calabre pour avoir favorisé la fuite de l'ancien député du Peuple de la liberté, Amedeo Matacena.