Fondé en 1962 sous le nom de CD Bidasoa, le club basque s'installe vers le début des années 1980 en División de Honor[2].
Les premiers résultats sont un peu difficiles mais au fil du temps, les résultats s'améliorent, avec en 1983 la finale à Malaga de la Coupe du Roi, bien que le club perdit face au FC Barcelone sur le large score de 16 à 36.
L'âge d'or
C'est vers la fin des années 1980 et durant les années 1990 que l'âge d'or du CD Bidasoa débute, avec le titre de Champion d'Espagne que le club remporta durant la saison 1986-1987[2]. À la suite de ce sacre, le CD Bidasoa se qualifie pour la Supercoupe d'Espagne mais s'incline face à l'Atlético de Madrid sur le score de 20 à 22.
L'année suivante le club basque se qualifie pour la deuxième fois de son histoire à la finale de la Coupe du Roi avec comme même adversaire le FC Barcelone mais s'incline une nouvelle fois, sur le score de 20 à 22. Barcelone ayant également remporté le championnat, le CD Bidasoa participe à la Supercoupe d'Espagne mais s'inclina une nouvelle fois sur un score de 21 à 29.
Au milieu des années 2000, Elgorriaga arrête de sponsoriser le club basque qui reprend alors son nom précédent, le CD Bidasoa[2], puis devient en 2006Bidasoa Irun. Cet changement a pour conséquence une baisse des résultats, le club oscillant entre les 6e et 13e jusqu'en 2006 avant d'échouer à l'issue de la saison 2006-2007 à la 16e place, synonyme de relégation en División de Honor Plata. Après six années dans l'antichambre du handball espagnol, le club retrouve l'élite à l'issue de la saison 2012-2013. En effet, si en temps normal, seuls le champion de D2 et le vainqueur des barrages d'accession obtiennent leur montée en Liga ASOBAL, le CD Bidasoa, finaliste des barrages, profite de la disparition du BM Atlético de Madrid pour accéder à la Liga ASOBAL. Néanmoins, mal préparé à cette montée inespérée, le club termine bon dernier du championnat 2013/2014 et retourne ainsi en Division 2.
Il retrouve la Liga ASOBAL lors de la saison 2016-2017 et parvient à se maintenir. Puis, le club réalise une excellente saison 2018-2019, atteignant la finale de la Coupe ASOBAL puis terminant deuxième du Championnat derrière l'invincible Barcelone. Le club retrouve ainsi la Ligue des champions.
