Dayton Moore devient le 6e directeur-gérant de l'histoire des Royals de Kansas City et leur vice-président sénior des opérations baseball le [2]. Il est alors aux commandes d'une franchise en déroute qui n'a pas participé aux séries éliminatoires depuis sa victoire en Série mondiale 1985 et n'a connu qu'une seule saison gagnante (2003) depuis 1994[4]. Les Royals perdent 100 matchs sur 162 en 2006 et vont prolonger à 9 saisons leur série de campagnes perdantes. Moore signe néanmoins une prolongation de contrat en 2009[5].
Le , Moore décide de sacrifier un joueur d'avenir considéré comme le futur de la franchise, Wil Myers, qui est transféré aux Rays de Tampa Bay dans un échange de 7 joueurs qui permet aux Royals d'acquérir les lanceursJames Shields et Wade Davis[6]. En 2013, les Royals remportent 86 parties contre 76 défaites, une première saison gagnante en 10 ans qui les voit livrer leur meilleure performance depuis 1989, mais ratent les éliminatoires. En , Moore, dont le contrat vient à échéance dans un an, accepte une prolongation de deux ans qui, s'il l'amène à son terme en 2016, en fera le directeur-gérant le plus longtemps en poste dans l'histoire de la franchise[5].