Comme beaucoup d'autres membres du gouvernement et du Parti démocrate, Fatin Rüştü Zorlu est arrêté et emmené sur l'île de Yassıada pour y être jugé par la « Haute Cour de justice » instituée par les nouvelles autorités du Comité d'union nationale(en). Le , il est condamné à la peine de mort lors des procès de Yassıada(en). Sa sentence ayant été confirmée par le Comité d'union nationale, il est pendu le lendemain seulement quelques minutes avant l'ancien ministre des Finances Hasan Polatkan.
Exécution
Fatin Rüştü Zorlu écoute calmement la lecture qui lui est faite de son ordre d'exécution. Avant de faire ses ablutions, il rédige une lettre d'adieu adressée à sa famille. Par la suite, il assiste calmement à la prière et corrige gentiment la récitation de l'imam ayant eu des difficultés à prononcer une phrase en arabe dans le Coran. Une fois la prière terminée, on le revêt d'une blouse blanche et on attache l'ordre d'exécution autour de son coup. Il est ensuite conduit auprès de la potence, située sous un grand arbre de la cour de la prison d'İmralı. Peu de temps avant de mourir, il déclare à l'un de ses geôliers : « Vous semblez nerveux », avant d'ajouter « Mieux vaut me laisser faire ». Alors que le bourreau Kemal Aysan s'apprête à lui passer le nœud coulant autour du cou, Zorlu se le met lui-même. Juste après, il s'exclame : « J'embrasse la main de ma mère. Que ma fille se marie et soit heureuse. ». Puis, il retire son alliance et demande qu'elle soit restituée à sa femme Emel. Enfin, il hoche la tête, jette un bref coup d'œil au ciel nocturne, prend une légère inspiration et pousse lui-même le tabouret situé sous ses pieds[4],. Zorlu étant particulièrement grand, ses pieds retombent sur la table qui maintenait le tabouret et que le bourreau finit par retirer. Selon le putschiste Tarık Güryay, témoin de l'exécution, ce dernier acte est le seul qui différencie sa mort d'un suicide par pendaison[5].
Le , sa dépouille est transférée de l'île d'İmralı vers un mausolée du cimetière de Topkapı(tr) sur le continent.