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Période portugaise
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Après être passé par les équipes jeunes de Grêmio, Marçal rejoint le Portugal en 2010 au SCU Torreense où il réalise une saison et demie complètes en troisième division nationale. Il est alors transféré au CD Nacional qui évolue en première division. Il y reste trois saisons et demie durant lesquelles il deviendra l'un des meilleurs latéraux du championnat.
En fin de contrat avec son club en et suivi par les meilleurs clubs portugais, il rejoint le Benfica Lisbonne pour quatre saisons.
Lors de la saison 2015-2016, il est prêté en première division turque au Gaziantepspor. Il y réalise une très bonne saison mais n'entrant toujours pas dans les plans du club portugais, il est de nouveau prêté une saison, le à l'En avant Guingamp après avoir intéressé Bastia.
Période française
En avant Guingamp
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Trois jours après son arrivée, il est titularisé par Antoine Kombouaré contre l'Olympique de Marseille à domicile. Il éclabousse de son talent la rencontre par ses velléités offensives et sa qualité technique. Il gagne déjà le cœur des supporter en finissant paralysé par les crampes et en demandant le soutien du public en fin de rencontre. Une semaine plus tard, il est à l'origine des deux buts marqués de son équipe face à l'AS Nancy. Après six journées de championnat, il figure dans l'équipe-type européenne de ce début de saison d'après le site de statistiques WhoScored avec une note moyenne de 8,03[1].
Olympique lyonnais
Cependant malgré sa bonne saison avec Guingamp, Benfica décide de ne pas le conserver et le cède à l'Olympique lyonnais pour un transfert évalué à 4,5 millions d'euros. Il est la première recrue du club lyonnais de la saison 2017-2018 avec lequel il signe un contrat de 4 ans. Bien que titulaire en début de saison, il se fait peu à peu chiper sa place par Ferland Mendy. Cependant, de retour dans le onze contre l'ESTAC Troyes et le FC Metz, il délivre deux passes décisives, pour deux victoires consécutives des siens (5-0 et 2-0).
Le , Fernando Marçal est transféré à Wolverhampton pour deux millions d'euros et signe un contrat de trois ans avec les Wolves[6].
Botafogo
En juin 2022, Marçal a signé un contrat avec Botafogo jusqu'à fin 2023[7],[8].
Marçal a fait ses débuts contre Santos, lors d'une défaite 2-0 le 20 juillet 2022, un match valable pour le Championnat brésilien[9].
Le premier but avec le maillot de Botafogo a eu lieu lors de la victoire 3-1 contre Fortaleza, à l'Arena Castelão, dans le championnat brésilien[10].
Le 20 avril 2024, Botafogo annonce une nouvelle blessure au mollet droit de Marçal. Dans un communiqué, le club a donné une prévision de retour minimum de quatre semaines[11].
