En juin 1861, Armstrong est promu capitaine dans l'armée régulière. En juillet, il commande une compagnie de cavalerie de l'Union lors de la première bataille de Bull Run[4]. Cependant, Armstrong démissionne de sa commission et, le , il rejoint l'armée confédérée[1]. Comme la démission d'Armstrong de l'Union n'entre en vigueur que le , il est techniquement en service dans les deux camps en même temps[1]. Il sert comme officier d'état-major sous les ordres des généraux confédérés James M. McIntosh et Benjamin McCulloch avant leur mort à la bataille de Pea Ridge, et se tient à seulement quelques mètres de McCulloch lorsqu'il est tué[1].
En février 1864, Armstrong demande un transfert dans le commandement du major général Stephen D. Lee[2]. Il reçoit le commandement d'une brigade de cavalerie du Mississippi précédemment commandée par le colonel Peter B. Starke[3]. Armstrong et ses hommes accompagnent le corps du lieutenant général.Leonidas Polk de Géorgie et servent lors de la campagne d'Atlanta, avant de participer à la désastreuse campagne du lieutenant général John B. Hood[3]. Il participe aux combats au cours de la campagne contre Murfreesboro, et conduit une grande partie de l'arrière-garde de Forrest après la défaite de Hood à la bataille de Nashville[1].
Le 23 mars, Armstrong est affecté à la défense de Selma, en Alabama, l'un des derniers centres industriels de la Confédération[1]. Le , ses troupes participent aux efforts pour défendre la ville contre une force beaucoup plus grande de l'Union commandée par le major général James H. Wilson[3]. Armstrong est capturé plus tard dans la journée[3].
Après la guerre
Avec le retour de la paix, Armstrong travaille pour le service de messagerie routier (Overland Mail Service) au Texas[1]. En raison de son expérience sur la frontière et militaire, il sert comme aux Inspecteur des Indiens des États-Unis de 1885 jusqu'en 1889, et est le commissaire adjoint des affaires indiennes de 1893 à 1895[4].
Black, Robert W., Cavalry Raids of the Civil War (2004)
Evans, Clement, ed. Confederate Military History, Vol. VIII. Atlanta, Georgia: Confederate Publishing Company, 1899.
Heidler, David S., and Heidler, Jeanne T., "Frank Crawford Armstrong", Encyclopedia of the American Civil War: A Political, Social, and Military History, Heidler, David S., and Heidler, Jeanne T., eds., W. W. Norton & Company, 2000, (ISBN0-393-04758-X).
Jones, Terry L., Historical dictionary of the Civil War (2002)
Kelly, C. Brian, Smyer-Kelly, Ingrid, Best Little Ironies, Oddities, and Mysteries of the Civil War (2000)
Linedecker, Clifford L., ed., Civil War, A-Z: The Complete Handbook of America's Bloodiest Conflict. New York: Ballantine Books, 2002. (ISBN0-89141-878-4)
Warner, Ezra J., Generals in Gray: Lives of the Confederate Commanders, Louisiana State University Press, 1959, (ISBN0-8071-0823-5).