Établie à 44 mètres d'altitude, la gare de Benet est située au point kilométrique (PK) 152,507 de la ligne de La Possonnière à Niort, entre les gares de Saint-Pompain (fermée) et de Coulon (fermée). Une limite de déclassement est située au PK 151,800 en direction de Saint-Pompain.
Gare de bifurcation, elle est également l'aboutissement, au PK 20,0 de la ligne de Fontenay-le-Comte à Benet (non exploitée), après la gare de Nieul-Oulmes (fermée).
↑François Palau et Maguy Palau, Le rail en France : Le Second Empire, t. 3 (1864-1870), Paris, Palau, , 239 p. (ISBN2-9509421-3-X), « 11.18. Cholet-Niort », p. 164.