La station de Bon-Encontre est mise en service le par la Compagnie des chemins de fer du Midi et du Canal latéral à la Garonne (Midi), lorsqu'elle ouvre à l'exploitation la section d'Agen à Auch de sa ligne d'Agen à Tarbes. La station est établie à six kilomètres de la gare d'Agen à l'emplacement où la nouvelle voie se détache, en direction du sud, de la ligne de Bordeaux à Sète, laquelle existe depuis 1856[2] mais n'avait pas été dotée d'une station à cet endroit.
En 1876, la recette annuelle de la gare est de 13 601 francs[3].
Elle est fermée sans doute dans la deuxième moitié du XXe siècle. Son bâtiment voyageurs aurait été démoli dans les années 1990[4].
↑Reinhard Douté, Les 400 profils de lignes voyageurs du réseau français : lignes 601 à 990, vol. 2, La Vie du Rail, , 239 p. (ISBN978-2-918758-44-0), « [640/2] Agen - Toulouse », p. 40.
↑François Palau et Maguy Palau, Le rail en France : Le Second Empire, t. 3 (1864-1870), Paris, Palau, , 239 p. (ISBN2-9509421-3-X), « 8.7 Agen-Auch : 16 novembre 1865 », p. 52-53.
↑Conseil général du Lot-et-Garonne, Rapports et délibérations, (lire en ligne), « Chemins de fer en exploitation », p. 15.
