La gare est ouverte le par la Compagnie du Centre. C'est en 1849 que la portion Bourges-Nérondes, sur laquelle était située cette gare, est ouverte. En 1852, le président Louis-Napoléon Bonaparte inaugure la ligne Bourges-Nevers et fait une visite à Saint-Germain-du-Puy.
En 1893 est construite une ligne stratégique reliant Bourges à Cosne-sur-Loire, dont l'embranchement s'effectue à Saint-Germain. Le trafic des voyageurs perdure jusqu'en 1966, mais la ligne en elle-même n'est déclassée qu'en 2000.
Saint-Germain-du-Puy est un arrêt situé juste après Bourges, desservi par les trains reliant la préfecture du Cher à Nevers, mais aussi, depuis le par des trains reliant Nevers à Orléans. Le bâtiment voyageurs, désaffecté, a été transformé en café. Il y a quatre voies, deux voies de circulation, et deux anciennes voies de service auparavant utilisées par les trains de Fret desservant les silos de Bombereault Gaumet situés sur l'ancienne Ligne Bourges - Cosne.
