Il fait partie des joueurs sélectionnés pour la Copa América 1991 mais il ne joue aucun match et de plus le Paraguay est éliminé au premier tour.
Il fait aussi les JO 1992, où le Paraguay termine quart-de-finaliste.
Il participe à deux éditions de la Copa América (1999 et 2001). Lors de la première, il est quart-de-finaliste, et lors de la seconde, le Paraguay est éliminé au premier tour mais néanmoins, il inscrit un but contre le Brésil, à la 11e minute sur penalty (1-3).
Il participe à la Coupe du monde de football de 2002. Titulaire contre l'Afrique du Sud, il ne joue pas contre l'Espagne. Il est titulaire contre la Slovénie. Qualifié pour les huitièmes de finale, le Paraguay affronte l'Allemagne, mais Guido Alvarenga ne joue pas. Le Paraguay est sorti en huitièmes.
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