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Le Front Moro de libération nationale (FMLN), fondé en 1969, décide de passer à l'action armée. Les premiers pourparlers entre le gouvernement et le FMLN ont lieu en 1975 à Djeddah mais n'aboutissent pas. Tandis que les indépendantistes s'allient aux guérillas communistes, l'Armée philippine tente de briser militairement l'insurrection.
Les accords de Tripoli en , projet d'autonomie de 13 provinces des Philippines[4], tentent de mettre fin au conflit, mais le référendum d', mené sur l'ensemble du pays, est boycotté par les indépendantistes, entraînant un retour de la violence[5].
L'insurrection perd en intensité à la fin de la décennie. À la suite des pourparlers entamés par la présidente Cory Aquino en 1986, un accord est signé en à Djeddah, renforçant l'autonomie. L'opposition du Front Moro islamique de libération (FMIL) bloque le processus de paix, mais la région autonome en Mindanao musulmane est créée en 1990 et un « Programme de réconciliation nationale et de développement » est mis en place[5].
Un cessez-le-feu du FMLN est établi bilatéralement avec le gouvernement en , prélude à la signature d'un traité de paix en . Ce processus de paix entraîne la montée des groupes islamistes qui y sont opposés, le FMIL, principal rival du FMLN, et Abu Sayyaf, fondé en 1992[5].
En 2000, sous la présidence de Joseph Estrada, le cessez-le-feu conclu en 1997 est aboli. Depuis, des négociations sont toujours en cours pour tenter de mettre fin au conflit.
En , plusieurs centaines de membres du Front Moro de libération nationale, opposés aux négociations de paix entre le gouvernement philippin et le Front Moro islamique de libération, qui selon eux marginalisent leur mouvement, lancent une attaque sur Zamboanga. Ils s'emparent de la ville et capturent des otages. L'armée lance alors une contre offensive qui écrase les rebelles et libère les otages à la fin du mois. Au total, 23 militaires et policiers, 12 civils sont tués lors des combats, les rebelles déplorent 189 morts et 292 hommes faits prisonniers[6],[7],[8].
En , certains chefs et membres d'Abou Sayyaf font allégeance à l'État islamique[9]. Par la suite un autre mouvement, le groupe Maute, fondé en 2013, rallie l'État islamique[10]. Le chef djihadiste Isnilon Totoni Hapilon tente alors de rapprocher ces deux mouvements[11].
Le , une centaine d'hommes de l'État islamique prennent le contrôle d'une partie de la ville de Marawi[12].
En , l'armée philippine et les anciens rebelles du Front Moro islamique de libération concluent une alliance pour combattre les djihadistes de l'État islamique et du Jama'at al-Muhajirin wa al-Ansar bi al-Filibin[13].
Le , la commission électorale des Philippines a validé le vote sur un référendum établissant une région autonome dans la partie musulmane du Mindanao. Cette décision achève le processus de paix débuté en 2014 entre Manille et le Front Moro islamique de libération[14].
En , Les Philippines annoncent que le groupe terroriste islamique Abu Sayyaf a été « entièrement démantelé », mettant ainsi fin à une insurrection jihadiste qui dure depuis trois décennies[15].
Stéphane Dovert et Rémy Madinier, Les musulmans d'Asie du Sud-Est face au vertige de la radicalisation, Paris, Les Indes savantes, , 146 p. (ISBN978-2-846-54041-4, OCLC470104312).
