En 1983, Jean-Christophe Maillot revient à Tours où il est nommé chorégraphe et directeur du Ballet du Grand Théâtre de Tours qui deviendra par la suite Centre chorégraphique national. Il crée pour cette compagnie une vingtaine de ballets. En 1985, il fonde le Festival de danse « Le Chorégraphique ». En 1986 il est invité à Monaco où il crée sa première pièce, Les Adieux, pour les Ballets de Monte-Carlo et surtout en , Le Mandarin merveilleux puis L'Enfant et les Sortilèges. Il devient conseiller artistique pour la saison 1992-1993, puis est nommé directeur-chorégraphe par S.A.R la Princesse de Hanovre en .
À la tête des Ballets de Monte-Carlo Jean-Christophe Maillot réoriente le répertoire de la compagnie de cinquante danseurs. Son travail chorégraphique personnel traite tout à la fois les grands thèmes classiques mais aussi le champ de l'abstraction. Il invite également des chorégraphes de renommée internationale, mais aussi de jeunes chorégraphes, à créer des œuvres pour les ballets monégasques et travaille avec des collaborateurs venus de différents domaines artistiques[2] Depuis son arrivée, il renoue avec la tradition des Ballets russes et fait appel à différents artistes pour la réalisation de rideaux de scène[3]. Il met également en place, en 2000, le « Monaco Dance Forum », qui est une manifestation chorégraphique internationale. Jean-Christophe Maillot présente également ses créations à l'étranger lors des tournées des Ballets de Monte-Carlo.
En 2011, une importante restructuration des institutions chorégraphiques de la principauté regroupe, sous la présidence de S.A.R. La Princesse de Hanovre, les Ballets de Monte-Carlo, le Monaco Dance Forum et l’Académie Princesse-Grace, dont Jean-Christophe Maillot prend la direction[1].
En , il crée, à l'invitation de Sergueï Filine, La Mégère Apprivoisée pour le ballet du Théâtre Bolchoï. C'est la première fois qu'un chorégraphe étranger est invité à créer une soirée entière pour cette institution.[réf. nécessaire]