Il passe lieutenant le à l’armée du Nord et participe à la guerre en Vendée. Le , il devient aide de camp de son ami et compatriote le général Lecourbe avec lequel il fait toutes les campagnes de l’an III à l’an VIII aux armées de Sambre-et-Meuse, du Rhin et d’Helvétie. Il est nommé capitaine aide de camp, et le , il rassemble une vingtaine de soldats de différents corps et attaque à leur tête une colonne autrichienne de 800 hommes auxquels il fait mettre bas les armes. Le 5 germinal suivant, il charge l’ennemi à la tête des grenadiers et le met dans la déroute la plus complète. Sa conduite dans cette affaire lui mérite le grade de chef de bataillon sur le champ de bataille et une lettre de félicitations du Directoire.
Le , Gauthier est nommé chef de brigade, et le , il prend le commandement de la 37e demi-brigade d'infanterie de ligne. Il participe à la campagne de l’an IX à l’armée du Rhin et passe à l’armée de l'Ouest en l’an X. Il est ensuite affecté à Vannes en l’an XI avant d'être employé au camp de Brest pendant l’an XII et l’an XIII. Il passe colonel le , chevalier de la Légion d’honneur le , officier de l’ordre le et membre du collège électoral du département du Jura.
De retour en France en , il est envoyé à l’armée de Lyon au mois de mars suivant. Lors de la Première Restauration, il prend le commandement du département de l’Ain, et le roi Louis XVIII le fait chevalier de Saint-Louis le . En , il accompagne l’Empereur à Paris. Au mois de mai, il est appelé au commandement de la 1re brigade de la 9e division du 2e corps de l’armée du Nord et fait avec ces troupes la campagne de Belgique. Le général Gauthier est blessé d’un coup de biscaïen au bas ventre à la journée du et est renvoyé dans ses foyers au licenciement du 2e corps le suivant. Il meurt à Ruffey-sur-Seille le , des suites de sa blessure reçue lors de la dernière campagne.
A. Lievyns, Jean-Maurice Verdot et Pierre Bégat, Fastes de la Légion-d'honneur, biographie de tous les décorés accompagnée de l'histoire législative et réglementaire de l'ordre, tome 3, Bureau de l’administration, , 529 p. (lire en ligne), p. 175.
