De 1997 à 2008, il est affecté par l’IRD à l’université Mahidol en Thaïlande, où il est reçu, près du Département de Coopération Technique (DTEC) du Royaume de Thaïlande, comme expert en « pathologie des maladies émergentes et encéphalites virales », et professeur invité de microbiologie. Il y crée, avec son équipe, le « Centre de recherche sur les maladies virales émergentes ». S’ensuit un second séjour, reçu cette fois comme expert-DTEC pour les « maladies à vecteur » à la Faculté de Science de l’université Mahidol pour y développer une plateforme de recherche et d’étude des maladies à transmission vectorielle. Avec ses équipes, il décrit de nouveaux agents pathogènes pour l’homme et les animaux, et en caractérise les pathologies connexes. Jean-Paul Gonzalez développe plusieurs concepts scientifiques comme la « coévolution hôtes-virus sur le temps long », ou encore une approche de recherche explicative et transdisciplinaire de l’émergence des maladies (sciences sociales, biomédicales, de l’environnement et de l’information) Dès la fin des années 1970, après l’émergence du virus Ebola en République démocratique du Congo il va avec ses équipes maintenir une surveillance de la réémergence des filovirus en Afrique Centrale[5],[6], et sera instrumental dans la mise en évidence du cycle naturel du virus Ebola.
En 2012 il rejoint de Département Santé de l’IRD pour être affecté à Washington D.C. (États-Unis), chargé des relations en science médicales auprès de l’Ambassade de France et, conseillé auprès de la compagnie Metabiota Inc. (San Francisco), sur les questions de biosécurité. En 2017 il rejoint la société « Health For Development » (Télémédecine pour le développement), comme membre du conseil scientifique. Puis nommé directeur adjoint du CEEZAD, le Centre d’Excellence pour l’étude des maladies émergentes zoonotiques et animales (Center of Excellence for Emerging Zoonotic and Animal Diseases, CEEZAD), à l'université d'État du Kansas le Dr Gonzalez engage dans une approche globale des santés humaine, animale et environnementale et, de l’évaluation du risque agricole (économie).
Jean Paul Gonzalez a signé ou cosigné plus d’une trentaine de d’ouvrages et de chapitres et près de 250 articles scientifiques publiés dans des revues à comité de lecture[8].
↑ a et bJ. P. Gonzalez, A. Sanchez et R. Rico-Hesse, « Molecular phylogeny of Guanarito virus, an emerging arenavirus affecting humans », The American Journal of Tropical Medicine and Hygiene, vol. 53, no 1, , p. 1–6 (ISSN0002-9637, PMID7542842, lire en ligne, consulté le )
↑(en-GB) « The Institut Pasteur International Network », Institut Pasteur, (lire en ligne, consulté le )
↑B. Ivanoff, P. Duquesnoy, G. Languillat et J. F. Saluzzo, « Haemorrhagic fever in Gabon. I. Incidence of Lassa, Ebola and Marburg viruses in Haut-Ogooué », Transactions of the Royal Society of Tropical Medicine and Hygiene, vol. 76, no 6, , p. 719–720 (ISSN0035-9203, PMID7164137, lire en ligne, consulté le )
↑(en) Jean-Paul Gonzalez, Encyclopedia of infectious disease, Michel Tibayrenc, Fundamentals, domains and diffusion of disease emergence: Tools and strategies for a new paradigm