À la Libération, il s'installe dans un atelier du quartier de Plaisance, rue Lebouis, qu'il occupe tout au long de sa carrière. En 1948 lui est attribué le prix Drouant-David de la Jeune peinture, suivi en 1954 du prix de l'Union méditerranéenne pour l'art moderne de Menton.
Il participe au Salon des jeunes peintres en 1950 et 1951, au Salon de mai de 1946 à 1968 puis, à partir de 1972, au Salon des réalités nouvelles.
De l'après-guerre aux années 1960, Jean Cortot produit à travers une série de variations thématiques une peinture qui s'éloigne progressivement de la figuration :
variations sur le chantier naval de La Ciotat (1947-1950), les paysages de l'Ardèche ;
Natures mortes (1955-1956) ;
La Table du peintre ;
la série des Villes (1957-1958) ;
la série d'Antiques (1962) ;
la série des Brouillards ;
la série des Reflets.
À partir de la série Correspondance (1957-1959), sa peinture s'oriente vers l'usage de la calligraphie, de pictogrammes et finalement l'invention de formes unissant peinture et littérature[5]. la série des Combats, d'où découle celle des Écritures (1967) qui se poursuit pendant une longue période. À partir de 1974, les écritures se font lisibles ; c'est la série des Tableaux-poèmes et des Poèmes épars.
Ouvrages
Jean Cortot a illustré de nombreux ouvrages, le premier, en 1946.
Il est aussi auteur de tapisseries et de fresques.
Hortense Longequeue, L’éloquence du pinceau : écritures peintes et livres d’artiste dans l’œuvre de Jean Cortot, Paris, École nationale des Chartes, (lire en ligne).