Il siège sur les bancs de la Gironde. Lors du procès de Louis XVI, il vote « la détention, et le bannissement à la paix », et se prononce en faveur de l'appel au peuple et du sursis à l'exécution[2]. En avril 1793, il vote en faveur de la mise en accusation de Jean-Paul Marat : « comme j'ai la conviction physique et morale des délits qu'on impute à Marat, je réponds oui »[3]. Celui-ci le dénonce, un mois plus tard dans son journal, comme membre de la « faction des hommes d’État »[4]. En mai, il vote en faveur du rétablissement de la Commission des Douze[5].
En octobre 1793, après le rapport de Jean-Pierre-André Amar, membre du Comité de sûreté générale, Jean Joseph Serres est décrété d'arrestation pour avoir signé la protestation contre les journées du 31 mai et du 2 juin[6]. Lui et les autres protestataires sont libérés et réintégrés à la Convention le 18 frimaire an III (8 décembre 1794).
Du Directoire à la monarchie de Juillet
Réélu, le 23 vendémiaire an IV, député des Hautes-Alpes au Conseil des Cinq-cents, à la pluralité des voix, il soutient la réaction dominante et quitte le Conseil en l'an VII. Serres est nommé, le 14 vendémiaire an XII, conseiller de préfecture des Hautes-Alpes. Il occupe cette fonction jusqu'au , et se rallie à la Restauration qui l'envoie, le , sous-préfet à Gap. Destitué aux Cent-jours, il est arrêté chez lui, dans la nuit du 10 au , par seize gendarmes ; conduit à Mont-Dauphin, il fut remis en liberté le lendemain par le lieutenant de l'armée royale du Midi, et est de nouveau arrêté le suivant, par ordre du préfet impérial, comme « extrêmement dangereux ». Le gouvernement royal le fait remettre en liberté le 17, et il est nommé, le même jour, préfet provisoire des Hautes-Alpes. Appelé, le , à la sous-préfecture d'Embrun, il remplit ces fonctions jusqu'au , date à laquelle il est remplacé. On lui accorde, le mois suivant, une pension de retraite de 1 190 francs.
Convention nationale. Opinion de Joseph Serre, etc. sur les subsistances... Paris : Impr. nationale, 1792. In-8°, 23 p.
Convention nationale. Quelques vérités à la Convention nationale sur la prétendue discussion des bases constitutionnelles, par Joseph Serres, etc. prononcées dans la séance du... ... (Paris,) : Impr. nationale, (1793). In-8°, 6 p.
Convention nationale. Joseph Serre, sur la question suivante : la mort de Louis intéresse-t-elle le salut de la République ? Ou plutôt, entre les dangers où nous expose son existence ou sa mort, quel est le moindre ? Prononcée dans la séance du , l'an premier de la République. Imprimé par ordre de la Convention nationale. (A Paris, de l'Imprimerie nationale [1792]). In-8, 12 p.
Mémoire sur la suppression des jachères et sur le meilleur mode d'assolement à introduire dans les Hautes-Alpes, par M. Serres, etc. Gap : Impr. de J. Allier, an XIII (1805). In-8°, 56 p.
Convention nationale. Opinion de Joseph Serre, député des Hautes-Alpes, contre l'inviolabilité du Roi. ([Paris.] De l'Imprimerie nationale [1792].).In-8, 10 p.
↑Michel Pertué, « La liste des Girondins de Jean-Paul Marat », Annales historiques de la Révolution française, vol. 245, no 1, , p. 379–389 (DOI10.3406/ahrf.1981.4254, lire en ligne, consulté le )