Au sein des compétitions continentales européennes, il dispute 14 matchs en Coupe de l'UEFA (cinq buts), et cinq matchs en Coupe des coupes (un but)[1]. Il atteint les quarts de finale de la Coupe de l'UEFA en 1995 avec Odense, en étant éliminé par le club italien de Parme[5].
Carrière d'entraîneur
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En octobre 2018, Thorup signe un contrat avec La Gantoise jusqu'en 2021[8].
Durant son passage à Gand, Jess Thorup aura permis au club de finir respectivement 5e puis 2e du championnat. Malgré ces bons résultats, il est limogé du club gantois le 20 août 2020, à cause d'un début de saison manqué (deux défaites).
KRC Genk
Le 25 septembre 2020, Jess Thorup signe au KRC Genk, en remplacement de Hannes Wolf.
Le danois a signé un contrat jusqu'en 2023, mais quitte son poste le 2 novembre 2020 après que le FC Copenhague l'ai contacté.
FC Copenhague
Jess Thorup signe donc le 2 novembre 2020 au FC Copenhague un contrat portant jusqu'en 2024.