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Il fut président par intérim du 1er mars de 1843 au durant la guerre civile contre Manuel Oribe.
Le , il fait adopter l'abolition officielle de l'esclavage en Uruguay. La même année, il a créé le Conseil d'État, présidé par Alexandre Chucarro.
En 1847, il a fondé l'Institut de l'Instruction publique et l'année suivante rendu l'instruction libre.
En 1849, il lança le plan de développement de l'université de la République, qui permit de créer quatre facultés: sciences naturelles, médecine, jurisprudence et théologie.
La guerre civile, surnommée la grande guerre, prend fin avec le traité de paix du de 1851, qui affirmait « Il n'y a ni vainqueurs ni vaincus » (no habrá vencidos ni vencedores), il disait aussi que l'autorité du gouvernement de la Défense était définie sur tout le territoire, que Manuel Oribe devait rester libre. Les frontières sont définies avec le Brésil voisin et Joaquín Suárez fut décoré par l'empereur du Brésil avec la grande croix de l'ordre du Christ.
Quand le régime constitutionnel est restauré le de 1852, Suárez démissionne de la présidence du Sénat, pour des raisons de santé.
