1 Compétitions officielles nationales et internationales senior, incluant le parcours amateur et en équipe réserve. 2 Matchs officiels. Dernière mise à jour : 30 novembre 2024
Pur produit de la formation du Benfica Lisbonne, il débute en Liga Sagres le contre le Boavista FC (0-0). Dès sa première saison, il joue 25 matchs et en profite pour inscrire 4 buts. Il joue à cette époque plus régulièrement milieu de terrain. La saison suivante, il fait partie de l'équipe championne du Portugal 2005. Le début de saison 2005-06 est délicat et Ronald Koeman le fait peu jouer. Il est alors prêté 6 mois au club de Gil Vicente FC. Ce prêt est convaincant et, malgré la relégation, il reste au club. En 2006-2007, il joue 25 matchs en Division 2 mais le club ne réussit pas à accrocher la montée. Pire, le club termine à la 12e place de Liga Vitalis à cause des 9 points déduits au club à cause de l'"Affaire Mateus".
En 2007, il s'engage alors avec le Sporting Braga, club avec lequel il finit 4e la première année. Il est à noter que cette année-là, il est repositionné arrière droit après le départ de Luís Filipe pour Benfica. Il joue et remporte la Coupe Intertoto 2008 et atteint avec son club les huitièmes de finale de la Coupe de l'UEFA (élimination par le Paris SG, 0-0 puis 0-1).
Le , il rejoint le Sporting CP pour un transfert de 3 millions d'euros et un contrat jusqu'en 2014. Ses deux buts de la saison 2009-2010 en championnat ont eu la particularité d'être tous les deux marqués sur la pelouse du Maritimo Funchal, la première fois avec le maillot de Braga, la deuxième fois avec le maillot du Sporting.
Devenu titulaire indiscutable dans un grand club du pays, João Pereira reçoit sa première sélection en équipe du Portugal le , à l'occasion d'un match face au Danemark comptant pour les éliminatoires de l'Euro 2012. Devenu également le titulaire du poste en sélection nationale, João Pereira s'apprête à disputer sa première grande compétition internationale à l'approche de l'Euro 2012. Le , il est confirmé dans la liste des convoqués pour l'Euro 2012, et va donc connaître, à 28 ans, sa première grande compétition internationale.
Latéral plutôt offensif, il n'hésite pas à monter pour pouvoir offrir des caviars à ses adversaires ou de marquer à lui tout seul. Mais il est également très solide défensivement. Des grand clubs comme Manchester United, le Milan AC ou même le FC Barcelone et le Real Madrid se sont déjà renseignés à son sujet. Mais c'est le Valence CF qui l'emporte finalement.
FC Valence
Le , il signe au Valence CF pour 3,68 millions d'euros et un contrat de 3 ans (plus une en option). Revenu de l'Euro 2012, où il échoue en demi-finale et où il a joué tous les matchs en tant que titulaire, il fait part lors de sa première conférence de presse, de son enthousiasme à jouer dans « l'un des plus grands clubs et dans le plus grand championnat d'Europe ».
Le , João rejoint le club du Sporting CP gratuitement en provenance du "Hannover 96".
Trabzonspor
Le , João Pereira rejoint le club turc du Trabzonspor pour 1,5 million d'euros.
Le , il prolonge son contrat avec les "Bordo-Mavi" jusqu'en 2020[3].
Carrière d'entraîneur
Le 11 novembre 2024, Pereira a été officiellement présenté comme entraîneur principal du Sporting avec un contrat jusqu'en juin 2027, à la suite du départ de Rúben Amorim pour Manchester United[4],[5].
