Il étudie les sciences à l'université de Montpellier où il obtient un doctorat en sciences en 1844 et en médecine le avec une thèse intitulée Des limites de la concordance entre les formes, la structure, les affinités des plantes et leurs propriétés médicinales. Éconduit à la faculté de médecine où il briguait un poste de professeur, il part travailler aux jardins botaniques royaux de Kew en Angleterre, puis devient enseignant à Gand puis à Nancy. Son ancien maître, Michel Félix Dunal, le fait revenir à Montpellier en 1853 comme suppléant à la faculté des sciences où il sera plus tard professeur en titre (il a parmi ses élèves Édouard Heckel[1]). Il devient ensuite directeur de l'École supérieure de pharmacie en 1859, puis professeur à la faculté de médecine en 1881, avec dans ses attributions la direction du Jardin des plantes. Pour ne pas cumuler trop de responsabilités, il abandonne alors la faculté des sciences [2].
Il devient célèbre lors de la crise du phylloxéra. D'abord, il fait partie du groupe de trois experts (avec Gaston Bazille et Félix Sahut) qui détecte le phylloxéra sur des racines de vigne à Saint-Martin-de-Crau, le . Un compte rendu à l'Académie des sciences immortalise la découverte. Ensuite, il se distingue avec son beau-frère Jules Lichtenstein par plusieurs articles matérialisant des avancées dans la compréhension de la biologie du phylloxéra et dans son mode de propagation. Enfin, la clarté de son esprit, la très grande qualité de sa plume et sa réputation en tant que professeur de plusieurs facultés, font de lui le général en chef de ceux qui luttent contre l'insecte. Planchon est « américaniste », c'est-à-dire qu'il est partisan du greffage des variétés de vignes françaises sur des racines de plants américains. La suite montrera que c'était la bonne solution. Il voyage en Amérique en 1873 et confirme ce que disait avant lui un entomologiste du nouveau monde : le phylloxéra existe en Amérique et il nous est venu de là. En 1874, c'est lui qui résume toutes les connaissances de l'époque relatives au phylloxéra dans un article de 23 pages publié dans la Revue des deux Mondes. Puis, la botanique reprend le dessus chez ce savant éclectique et il publie sur les vignes du Nouveau Monde et sur leur capacité à servir de porte-greffes.
Sa ville natale de Ganges possède une rue à son nom. La ville de Montpellier possède son square Planchon, face à la gare ferroviaire. S'y trouve le monument Planchon : un viticulteur reconnaissant élève une grappe de raisin jusqu'à la base du buste du savant professeur. Il est mort à Montpellier en 1888, à l’âge de 65 ans. Il est inhumé au cimetière protestant de Montpellier.
L'agronome Pierre-Paul Dehérain écrivit : « La postérité ne se souviendra ni des travaux de botanique descriptive de M. Planchon, ni de son talent d’écrivain, ni des qualités de professeur ; elle résumera son jugement en un mot : M. Planchon, après avoir démontré que le phylloxéra était la cause de la mort de la vigne, a contribué pour une large part à la reconstitution des vignobles en préconisant les plants américains. Il a ainsi préservé d’une ruine complète toute notre région méridionale. Telle est son œuvre ; elle est assez belle pour lui assurer la reconnaissance de tous. »
Il a épousé Henriette Lichtenstein (1829-1900), avec laquelle il a eu un fils : Louis David Planchon, botaniste spécialiste des champignons[4].
Voir également quelques-uns de ses ouvrages disponibles sur gallica.
[1847] « Sur la nouvelle famille des Cochlospermées », London journal of botany, , p. 294-311 (lire en ligne).
[Linden & Planchon 1853] Jean Jules Linden et Jules Émile Planchon, Preludia florae columbianae, .
[1854] « Sur l'histoire botanique et horticole des plantes dites Azalées de l'Inde », Revue horticole, t. 4, no 3, , p. 42-49, 63-68 (lire en ligne [sur biodiversitylibrary.org]).
[1856] Des hermodactes au point de vue botanique et pharmaceutique (thèse de doctorat en pharmacie), Paris, impr. L. Martinet, , 47 p., sur gallica (lire en ligne).
[Triana & Planchon 1862-1873] José Jerónimo Triana et Jules Émile Planchon, Prodromus florae novo-granatensis, 1862-1873.
[Linden & Planchon 1874-1875] Jean Jules Linden et Jules Émile Planchon, Plantae columbianae, 1874-1875.
Jules Émile Planchon, Gustave Planchon, Rondelet et ses disciples, ou la Botanique à Montpellier au XVIe siècle (œuvre littéraire), Montpellier, , [lire en ligne].
[1875] Les Vignes américaines, leur culture, leur résistance au phylloxéra et leur avenir en Europe, Montpellier, libr.-éd. C. Coulet, , 240 p., sur gallica (lire en ligne).
[1877] Les Mœurs du Phylloxéra de la vigne : résumé biologique, Montpellier, libr.-éd. C. Coulet, , 8 p..
Il rédige l'article sur la description des plantes de la famille des Ulmaceae dans l'œuvre en plusieurs volumes d'Augustin Pyrame de Candolle, intitulée Prodromus systematis naturalis regni vegetabilis
↑[Heckel 1899] Édouard Heckel, « Sur le parasitisme du Ximenia americana L. » (séance du 29 mai 1899), Comptes-rendus de l'Académie des sciences, t. 128, , p. 1352-1353 (lire en ligne [sur gallica]).
[Boulaine & Legros 1998] J. Boulaine et J.-P. Legros, D'Olivier de Serres à René Dumont, portraits d’agronomes, éd. Lavoisier, coll. « Tec/doc », , 320 p..
[Flahault 1892] Charles Flahault, « L'œuvre de J.-É. Planchon », Mémoires de la section des sciences - Académie des sciences et lettres de Montpellier, t. 11, , p. I-XXXII (lire en ligne [PDF] sur ac-sciences-lettres-montpellier.fr).
[Legros & Argeles 1990] « Jules-Émile Planchon et le phylloxéra », dans J.-P. Legros et J. Argeles, La Médecine à Montpellier du XIIe siècle au XXe siècle, éd. Hervas, , p. 236-237.
[Legros & Argeles 1995] « Jules-Émile Planchon », dans J.-P. Legros et J. Argeles, Le Jardin des plantes de Montpellier, éd. Odyssée, , p. 79-82.
[Morot 1888] Louis Morot(es), « Notice sur Jules-Émile Planchon », Journal de botanique, t. 2, , p. 220-228 (lire en ligne [sur archive.org]).
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