La municipalité régionale de comté emprunte son nom à l'île aux Basques, située en face de Trois-Pistoles, où la présence de pêcheurs basques entre 1580 et 1630 est attestée.
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Démographie
La MRC des Basques est une des MRC les moins peuplées du Québec et l'une des plus pauvres. Territoire essentiellement rural, sa croissance démographique s'est arrêtée en 1961 pour amorcer un déclin prononcé. Entre 1961 et 2006, la MRC des Basques a perdu 42 % de sa population. Certains villages de l'arrière-pays ont subi des pertes démographiques encore plus importantes. Le poids de la population de la MRC dans le total québécois a été réduit par trois entre 1951 et 2016, passant de 0,36 % à 0,11 %.