En 1785, de retour en garnison au Cap, Thibault est nommé par la compagnie, inspecteur des bâtiments de la colonie du Cap.
Le Cap et ses environs 1791
Carte par Thibault
Delft Archives
En 1786, il dirige l'école des cadets de la colonie. Il y enseigne notamment les mathématiques et l'art militaire. De 1786 à 1790, Thibault dessine tous les nouveaux bâtiments publics de la colonie d'abord seul puis à partir de cette date en association avec le sculpteur Anton Anreith(en) et l'architecte Herman Schutte(af). En 1795, il est ingénieur militaire en chef de la colonie du Cap.
Durant l'occupation britannique de 1795 à 1803, Thibault perd tous ses privilèges. En 1799, le major Francis Dundas, gouverneur de la colonie, le charge cependant de réparer tous les édifices militaires puis son successeur, George Yonge, le nomme architecte chargé des travaux militaires.
De 1803 à 1806, quand la colonie du Cap redevient sous administration batave, Thibault est nommé inspecteur des bâtiments publics et est confirmé à ce poste lors du retour de la souveraineté britannique en 1806.
Durant les dernières années de sa vie, il est affecté à la surveillance de la construction des demeures situées sur la route entre Le Cap et Simonstown.
Il décède d'une pneumonie le et est enterré au cimetière de Somerset.
Famille
Le , Louis Michel Thibault épouse Elizabeth van Schoor (décédée en 1820). Le couple a cinq enfants :
Catharina Everdina Thibault (née en 1787), décédée vers l'âge de 8 ans
Maria Johanna Louisa Thibault née en 1788
Elisabeth Meinhardina Thibault née en 1790, 1 enfant
Catharina Maria Georgina Humphreys (née en 1829)
Louis Michel Adrien Thibault, né en 1792 et mort en bas âge
Quelques réalisations architecturales
Le Drostdy de Graaff-ReinetManoir de Groot Constantia rénové par Louis-Michel Thibault
le perron surmonté d'une marquise du château du Cap
Loge maçonnique de Bonne Espérance (1801-03), le Cap
