Typiquement, la mécanique moléculaire considère l'ensemble des interactions entre une collection d'atomessphériques reliés entre eux par des ressorts fictifs qui représentent les liaisons chimiques. La représentation de tels interactions interatomiques engendre des forces internes et sont généralement décrites par de simples fonctions mathématiques qui peuvent dépendre soit de la distance entre paires atomiques ou de leurs angles. Parfois, la loi de Hooke peut-être employée pour représenter très simplement les interactions de liaison. Les interactions entre atomes peuvent être traités soit en les assimilant à des sphères duresnon-élastiques ou en interaction avec une énergie potentielle, par exemple sous la forme d'un potentiel de Lennard-Jones.
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