En 1760, Françoise de Palatinat-Soulzbach, la mère de Marie Anne est bannie de la cour par son beau-frère, le duc Christian IV, pour avoir entretenu une liaison avec un acteur dont elle attendait un enfant[3]. Tandis que les frères de Marie Anne, Charles Auguste et Maximilien Joseph, ont ensuite été accueillis par leur oncle Christian IV et sa femme, la comtesse Forbach, elle-même a été élevée dans un couvent à Nancy. Après la mort de son père en 1767, elle est confiée à sa grand-mère paternelle Caroline de Nassau-Sarrebruck, duchesse douairière de Palatinat-Zweibrücken, qui vivait au château de Bergzabern depuis 1744. À sa mort en 1774, Marie Anne est recueillie par sa tante, l'électrice Élisabeth-Auguste de Palatinat-Soulzbach (1721-1794), et demeure à la cour du Palatinat à Mannheim[3].
De leur union naissent trois enfants, titrés comte et comtesse palatins de Birkenfeld à Gelnhausen puis, à partir de 1799, duc et duchesse en Bavière[4] :
Marie-Anne de Deux-Ponts, duchesse en Bavière, meurt à Bamberg, des suites d'une fièvre inflammatoire, le , à l'âge de 70 ans. Elle est initialement inhumée en l'abbaye de Banz, puis en 1883, lors de la dissolution de la crypte familiale de Banz, à l'abbaye de Tegernsee[5].
