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Matteo Bono pratique le cyclisme en prenant pour modèles son père, coureur amateur, et son frère Paolo, de sept ans son aîné[1], professionnel en 2001 et 2002.
Matteo Bono devient coureur professionnel en 2006, au sein de l'équipe Lampre-Fondital, qu'il a intégrée en en tant que stagiaire. Il y est essentiellement un équipier de Damiano Cunego.
En , il obtient sa première victoire professionnelle en gagnant l'étape-reine de Tirreno-Adriatico[1]. Deux mois plus tard, il s'impose à nouveau lors de la troisième étape du Tour de Romandie. Il dispute ensuite le Tour d'Italie, son premier grand tour, et voit le contrat qui le lie à Lampre prolongé[2].
En 2008, il participe pour la première fois au Tour de France et se classe 117e de l'épreuve.
Fin 2014, il prolonge son contrat avec Lampre-Merida[3]. Effectuant ainsi en 2015 sa dixième saison dans l'équipe, il est le coureur ayant la plus longue présence dans son effectif[4].
L'année 2015 voit le coureur italien prendre le départ du Tour de France 2015 pour la quatrième fois et finir 118e du classement général à Paris.
Au mois d'août 2017 il prolonge de deux ans le contrat qui le lie à son employeur[5].