Le musée a bénéficié d'une rénovation complète au début des années 2000. Le contenu muséographique a aussi subi une refonte complète. L'exposition permanente est divisée en cinq unités, de la Préhistoire à l'époque romaine.
Inscription : ΘΕΣΣΑΛΟΝΙΚΗΝ ΦΙΛΙΠΠΟΥ ΒΑΣΙΛΙΣΣΑΝ « à la reine Thessalonique, fille de Philippe », qui a donné son nom à la ville. Provient d'un piédestal du -IIe siècle, avec des statues de la famille de Philippe II.
Vase du -IVe siècle.
Façade d'une ancienne tombe macédonienne (-IVe siècle) d'Aghia Paraskevi.
Casque macédonien.
Cratère en calice, en bronze. Œuvre macédonienne, vers -370.
Période romaine
Éléments restaurés du temple d'Aphrodite à Thessalonique.
Plaque votive (Ier siècle)
Statue en marbre d'Auguste (période romaine).
Epona, patronne des chevaux. Déesse celtique, peut-être introduite à Thessalonique par Galère.
Relief funéraire représentant une famille (Ier siècle).