Lorsque l'ancienne église de Nazareth est devenue trop petite pour accueillir les fidèles de la paroisse qui en comprenait 20 000 en 1878, il a été décidé d'abord de l'agrandir, puis de faire construire une nouvelle église. Celle-ci est bâtie au nord-est de l'ancienne par l'architecte Max Spitta entre 1891 et 1893, en style néogothique. Elle est construite en briques de la Marche de Brandebourg et reçoit son nom de Nazareth, lieu de jeunesse de Jésus. Au contraire de son aînée qui est sans clocher, elle en est pourvue d'un faisant 78 mètres de hauteur, avec une toîture en pointe. L'église est à trois nefs, avec un transept et un chœur rectangulaire, le tout formant une croix symétrique. Elle est consacrée le .
L'église est gravement endommagée pendant la bataille de Berlin de 1945. Elle fait partie ensuite de Berlin-Ouest. Elle est restaurée, mais en 1960 le résultat fait que ses peintures murales sont recouvertes de peinture neutre et que le caractère néogothique de l'intérieur est anéanti. Ensuite à partir des années 1970, la baisse de la pratique religieuse rend l'église trop grande. Elle est déconsacrée en 1989.
Peu après en 1991, l' Evangelisch-freikirchliche Gemeinde Gottes Berlin, communauté freikirchlich (en français : d'Église libre), c'est-à-dire appartenant à une branche protestante non rattachée aux églises protestantes historiques, en obtient l'usage, puis la propriété en 1993. Elle est proche de l'évangélisme américain[1] et en particulier du pentecôtisme, ancré à Berlin depuis 1988. L'église est prêtée également à d'autres mouvements freikirchlich. En 2003, les anciennes fresques sont redécouvertes. En 2016, l'Église universelle du Royaume de Dieu a acheté le bâtiment.
(de) Matthias Hoffmann-Tauschwitz, Wege zur berliner Kirchen. Vorschläge zur Erkundung kirchlicher Stätten im Westteil Berlins, Berlin, Wichern-Verlag, 1987