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La première cérémonie a lieu le au théâtre du Châtelet à Paris. Les fondateurs créent l'Association professionnelle et artistique du théâtre (APAT) et font appel à Georges Cravenne spécialiste de ces événements. Des personnalités du théâtre public se joignent peu à peu à l’organisation de la cérémonie.
D’année en année, la cérémonie des Molières devient le rendez-vous télévisé incontournable des amateurs de théâtre. Chaque Cérémonie des Molières est présidée par une personnalité prestigieuse du théâtre et un Maître de Cérémonie orchestre la remise des trophées. Michel Drucker a présenté l’émission durant dix-neuf cérémonies. D’autres personnalités médiatiques se sont par la suite prêtées à cet exercice : Laurent Ruquier, William Leymergie, Karine Le Marchand, Frédéric Mitterrand, Marie Drucker (accompagnée de Michel Drucker), Laurent Lafitte, Nicolas Bedos et Alex Lutz.
Logo de la cérémonie en 2007.
En 2004, en raison de la mobilisation des intermittents, la Cérémonie n'est pas diffusée à la télévision. Par ailleurs, la nécessité d'une refonte du protocole d'attribution des récompenses est préconisée. L'APAT connait alors une véritable refondation avec l'élection d'un nouveau Conseil d'Administration comprenant trois collèges : un collège de six représentants du théâtre privé, un autre réunissant six représentants du théâtre public et le dernier composé de six personnalités qualifiées. Ces dix-huit membres à voix délibérative sont assistés par des membres à voix consultative que sont les représentants de l'État, du Syndeac, du SDTP, de la SACD et de l'Adami. Son président est alors Pierre Santini auquel succéderont Jean-Claude Houdinière (-2008), Irène Ajer (2008-2010) et Pierre Lescure (2010-2011). Ils sont assistés de Geneviève Dichamp et d'Anne-Sandra Keff.
À la suite de la démission de Pierre Lescure, Myriam Feune de Colombie prend la présidence par intérim de l'association. Il s’ensuit une période de deux années pendant laquelle la cérémonie n’a pas lieu, à cause d'un désaccord au sein des théâtres, certains refusant de participer à l’édition 2012. Les partenaires historiques des Molières, France Télévisions en tête, ne souhaitent plus soutenir la Cérémonie tant qu’une solution n’aura pas été trouvée. Jean-Marc Dumontet est appelé comme médiateur afin de résoudre cette crise.
Ainsi, le dialogue reprend entre l’organisation des Molières et les théâtres ayant exprimé leur divergences.
Un nouveau conseil d’administration est élu en 2013, présidé par Jean-Marc Dumontet. La 26e cérémonie des Molières est alors programmée par France 2, le , dans l’unité retrouvée. Cette dernière, orchestrée par Nicolas Bedos, est saluée par la critique, et rassemble 1,14 million de téléspectateurs, et 8,2 % de part du marché.
Les 27e, 28e et 29e cérémonies des Molières, présentées respectivement par Nicolas Bedos et Alex Lutz confirment ce nouveau souffle. Bien que ces éditions successives permettent aux Molières de renouveler avec l'audience, la 29e cérémonie est marquée par l'émergence d'une controverse autour de la diversité dans le théâtre français à la suite d'un incident lors de la soirée[2].
La 30e Cérémonie est présentée par l'actrice et metteur en scène Zabou Breitman, et la 31e Cérémonie par l'humoriste et animateur Alex Vizorek.
Molière du meilleur spectacle comique, créé en 1988, prix non attribué en 2003, inclus en 2004 dans « Meilleur spectacle de divertissement », non attribué depuis, rétabli depuis 2009. Ce Molière est réservé au théâtre privé.
Molière seul(e) en scène, auparavant appelé Molière du one-man-show ou spectacle de sketches, créé en 1989, prix non attribué en 1994 et 1995, inclus en 2004 dans « Meilleur spectacle de divertissement », non attribué en 2005 et 2006, titré en 2007 « Molière du spectacle seul(e) en scène », supprimé en 2009, rétabli en 2014.
Molière du spectacle musical, inclus en 2004 dans « Meilleur spectacle de divertissement », remplacé en 2005 par « Meilleur créateur de musique de scène », rétabli en 2006.
Molière du spectacle en région, créé en 1988, non attribué en 1995 ni depuis 1997, titré en 2004 et 2005 « Meilleur spectacle en région », puis en 2006 « Grand prix spécial du jury théâtre public en région »
Lucie Le Renard, sous la direction d'Yves Morvan, L'histoire des Molières, de la création à nos jours : portée, signification et impact sur le public, mémoire de master 1 en médiation culturelle, Université Sorbonne Nouvelle-Paris 3, 2013, 87 p.